这一阴谋是在利多菲的一名信使，在英格兰携带与诺福克公爵有关的文件被捕后被发现的。诺福克公爵被拘留，以叛国罪受审，并被判处死刑。虽然没有足够的证据可以直接联系到玛丽，但她仍受到密切关注。
1583年的斯洛克莫顿阴谋，是另一次企图终结伊丽莎白的计划，并用玛丽来取代她。弗朗西斯·斯洛克莫顿是玛丽的天主教支持者，1580年代初，他在欧洲大陆会见了流亡的英国天主教徒。他们寻求法国和西班牙的帮助，以协调由亨利一世，盖斯公爵领导的占领英国的行动，目的是把国家从新教中拯救出来。
斯洛克莫顿的策划者与玛丽联系，但他们的努力被伊丽莎白的秘书弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士发现。斯洛克莫顿因叛国罪被拘留并受审，不过最后他于1584年去世。斯洛克莫顿牵连了他的几名同伙，包括西班牙大使贝纳迪诺?德?门多萨(Bernardino de Mendoza)，之后被驱逐出英国。然而，仍然没有足够的证据让伊丽莎白相信玛丽参与其中。
1585年的帕里计划，以建筑师威廉·帕里的名字命名，是另一个企图消灭伊丽莎白的计划。帕里为英国政府工作，但被指控为双面间谍。帕里在1585年被判处死刑，但仍没有迹象表明玛丽参与了这项计划。1586年7月：玛丽被证实与反对伊丽莎白的阴谋有关
针对伊丽莎白的阴谋谣言四起，枢密院1584年通过了结社契约以阻止对她的进一步暗杀。1585年，国会通过了《女王安全法案》，废除了继承人反对女王的规定。这两个决定都是针对玛丽的；他们为防止任何可能危及伊丽莎白安全的人，并为玛丽的垮台奠定了基础。
1586年，英国当局揭露了巴宾顿阴谋，该阴谋再次试图用玛丽来取代伊丽莎白。弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士的团队，截获了安东尼·巴宾顿写的一封信后，发现了这个计划。巴宾顿是一名虔诚的天主教徒，与法国派系有着密切联系。他在一份密信中告诉玛丽，他有“六个绅士”，只要她同意，就可以消灭伊丽莎白。玛丽在7月17日回信，要求与他们见面，并建议可能需要他们的技能。
1586年9月，巴宾顿和他的同伙被拘留、审判，并被送上绞刑架。不过值得注意的是，作为巴宾顿阴谋一部分的信件交换，最终使沃尔辛厄姆得以起诉玛丽。之后，她被带到法庭受审。1587年2月8日：玛丽终有一死
玛丽的审判于1586年10月，在北安普敦郡的福瑟林黑城堡开始。起初，玛丽拒绝出席，但有人告诉她，即使她不在，也会正常进行。她别无选择，只好出席。
玛丽反驳了对她的指控。但她最终还是被判叛国罪，被判处死刑。这个决定在1587年2月1日最终敲定。
玛丽于1587年2月8日被斩首。人群聚集在一起观看前女王的最后时刻。据目击者称，玛丽身穿黑色礼服，戴着面纱，以极大的勇气结束了生命。据了解，有位刽子手跪倒在地，请求原谅。有人这样描述当时的场景：
女王以巨大的勇气，跪在黎明的时刻，没有任何动摇的迹象。她太勇敢了，所有在场的人都被感动了。她把头靠在木头上，重复着祈祷的时候，刽子手在她的脖子上重重地砍下一刀，但并没有完全砍断。然后，又砍了两下，这显然是想使受刑人更加痛苦。
最后刽子手拿起被砍下的头颅，给在场的人看，喊道：“上帝保佑伊丽莎白女王！愿真福音的所有敌人就此灭亡！”
