沉寂千年的今文经学在晚清的复兴，是中国学术史的重大议题。作为复兴始祖的庄存与提倡《公羊》学说既是出于考据学对思想文化大一统冲击的考虑，更有其政治上对和珅把持朝政的忧虑。 借助夷夏观念，晚明遗民对清政权多消极抵触，不与合作。而自清代中后期开始，士林则主动以天下为一家，放弃夷夏之防。庄存与是开启这一转折的关键人物，他在乾嘉复古考索的大气候下，借助对汉代公羊学'异内外'一义的探讨，将判分夷夏的标准确立为以君臣之义、父子之亲、男女之别为内核的'礼',从而将夷夏身份问题转换为礼教问题。
庄存与，字方耕，江南武进人。他是进士出身，被授编修后，勤恳努力，一直升到内阁学士之职。他在督学直隶的时候，对满洲、蒙古童生十分严格，不准他们传抄作弊。那些童生就怀恨在心，构陷庄存与，借故让御史弹劾，罢了庄存与的官。此事经皇帝亲自过问后，发现庄的确是被冤枉的，就下令杀了首恶，让庄存与官复原职。
庄存与在官场上几经沉浮，一直干到很老才退休。他平素为人十分清廉和耿直。典试浙江的时候，当地巡抚给他送财物行贿，被他严词拒绝。但被赠予冠帽的时候，作为礼物他收下了。当他与从人离开浙江走到半路的时候，有人以实言相告，说那顶送给他的帽子上镶嵌的是真珊瑚，价值千金。庄存与大惊，连忙返回，路上走了一千多里路，退还了这顶帽子。
庄存与的学问很好，渊博贯通。他为讲官的时候，皇帝在文华殿听讲。其他讲官讲完后，庄存与上奏，说讲章有误，我认为讲得不对。皇帝就命他来讲，庄存与侃侃而谈，令众人十分佩服。皇帝对他的学识很赏识，留他在身边时刻询问。
在传统的学术领域，庄存与对六经都有研究和发明。在易学方面，他著有《彖传论》、《象传论》、《系辞传论》等。“其为文，辨而精，醇而肆，旨远而义近，举大而不遗小，能言诸儒所不能言。”
在《尚书》学方面，他著有《尚书既见》、《书说》。“不分今古文文字同异，而剖析经义，深得孔子序书、孟子论世之意。”
对于《诗经》，他写了《毛诗说》，专门解释"楚茨"一章。“详于变雅，发挥大义，凡毛、郑异说者，多是毛而非郑。”
在礼学方面，他独重《周官》， 博采传记诸子，为《周官记》。其他还有《冢宰记》、《司徒记》等，“又遍览古人所论列者，件系而折中之。”为《周官说》。
在对《春秋》的研究上，他专主公羊学和董仲舒。为《春秋正辞》十二卷，阐明家法，示治《公羊春秋》者以途径。《春秋正辞》是他今文经学的代表作，这部书最能表现他的今文经学的取向.书中强调《春秋》是经非史，肯定了《春秋》为圣人经典的性质，在三传中，认为《公羊传》最得《春秋》之意，这就将今文经学的公羊学提升到古文经学的左传学之上.这在清代经学史上就开启了重视今文经学的学术新风.
他又有《四书说》一卷，“于四书不崇虚语，而归中于六经，盖深得汉人遗意。” 实开常州今文经学的先河。后来他的侄子庄述祖、外甥刘建禄也继承了他的思想。
庄存与有个弟弟庄培因，字本淳。也是进士出身，做官做到内阁学士。
庄存与于七十岁时去世。