撒拉族的族源，根据民间传说，有多种说法，一说是从土耳其来的,一说是从哈密来的，一说是从撒马尔罕来的。学术界比较一致的意见是撒拉族源自中亚撒马尔罕。
撒拉族先民从中亚撒马尔罕一带迁来的历史，近年来被一些历史学家证实。其祖圣尕勒莽、阿哈莽的坟墓与《古兰经》手抄本仍在街子清真大寺内保存。一本土耳其文著作《回族源流考》中记载：“原住在撒拉克(今土库曼境内)的尕勒莽和阿哈莽兄弟二人，带领本族一百七十户，离开此地东行至西宁附近定居下来。”从民族习俗来看，过去撒拉人结婚时往往表演“骆驼舞”或“骆驼戏”，其内容就是追述先民从中亚撒马尔罕迁来的经过。
在撒拉族的主要成分究竟是以中亚哪个民族为主的问题上，学术界仍存在分歧，主要观点有：一是以“撒马尔罕人”为主说，认为“早在元代，经新疆迁入循化一带的中亚撒马尔罕人与周围的藏、回、汉、蒙古族等民族长期相处，互相影响，逐渐发展而形成。” 二是以“撒鲁克人”为主说，如《中国大百科全书·民族卷》认为“据民间传说，约在元代 （13世纪）居住在今撒马尔罕的西突厥乌古斯部落撒鲁克人的一支。”三是以“撒鲁尔人”为主说，认为撒拉族形成过程中“不只是撒罗尔部唯一源泉组成新的民族而是逐渐融合了中亚各族以及周围民族。这个过程中撒鲁尔人占主导地位，并吸收了其他民族的优秀文化形成了统一体。”芈一之认为“撒拉族的先民是乌古斯部的撒鲁尔人”。米娜瓦尔认为“撒拉族的先民属撒鲁尔人尕勒莽部” 。四是土库曼斯坦的马雷州说，认为撒拉族先民更有可能来自于土库曼斯坦的马雷州，而撒马尔罕则仅仅是其东迁时的必经之地。
撒拉族祖先到循化定居后，与周围藏、回、汉、蒙古等族长期杂居融合、繁衍，逐步形成一个稳定的民族共同体——撒拉族。
撒拉族先民自元代由撒马尔罕迁入中国境内后，即受到元统治者的优遇，其首领尕勒莽被授予积石州的世袭“达鲁花赤”。尕勒莽之孙韩宝于明洪武三年（1370年）归附明朝，三年后被授为积石州千户所的世袭百户，职衔是“昭信校尉管军百户”，正式确立了土司制度，拨属河州卫积石千户所。韩宝成为撒拉族历史上的第一任土司，此后子孙相传。正统元年（1436年），韩贵因征战有功，被授副千户职，调赴凉州御敌。清代承续明代旧制，由地方官吏委任，称外委土司。
清朝中后期，撒拉族人民进行过多次反抗宗教压迫与封建压迫的武装斗争。如乾隆四十六年（1781年），就发生了由撒拉族苏四十三和韩二个领导的反清起义，直接原因是撒拉族内部新教与老教的斗争。但其深刻的社会背景，则是清朝封建统治者和撒拉族土司、掌教等的残酷压榨所引起的民族矛盾、阶级矛盾的普遍激化。随着封建经济的发展，土地大量集中在土司、户长（撒拉语称为“哈尔”）和伊斯兰教寺院的掌教等少数封建上层的手中。掌教控制寺院的土地和财产，子孙相承、世袭罔替，形成了掌教兼地主的封建门宦制度。不同的门宦、教派之间争权夺利，给撒拉族人民带来了无穷的灾难。广大撒拉族贫苦农民受着高租和重利的层层盘剥，生活十分艰难。新教提出的革除门宦和消灭土司等口号，反映了撒拉族广大农民反抗封建压迫的愿望。对此，清朝封建统治者采取“邦扶旧教”、“尽洗新教”的“赦一剿一”的挑拨分化政策，实质上是支持土司等旧势力，因此斗争又迅速转化为撒拉族人民包括众多的旧教信徒在内的反清武装起义。苏四十三等起义首领杀死了前来镇压的清兰州知府和副将，率领二千多人，由循化越过大力加山，攻下河州，包围兰州，给清朝以很大震动。同治年间（1862-1874年）和光绪二十一年（1895年），撒拉族人民又两次掀起反清斗争。1895年的起义，烽火遍及河湟，史称“河湟事件”。这些起义虽终告失败，但充分显示了撒拉族人民反抗封建压迫的英勇斗争精神。
在此后的诸如太平天国、西北回族人民的反清起义，以及抗日战争和解放战争中，撒拉族人民都积极响应，发挥了重要的作用。