崇祯自杀、明朝灭亡后，由于明朝实行双京制，南京还有一套机构完整的政府班子，运转正常，其主导者是南京兵部尚书史可法。因为崇祯的儿子们都已落入敌手，南京方面当时急需拥戴一位宗室藩王来当皇帝，以承继明朝大统。
从血缘上来论，最合适的是福王朱由崧，但是南方的东林党复社成员因为以前“争国本”的宿怨，都不愿拥立福王。他们强烈主张拥立潞王朱常淓。史可法倾向于东林党人，摇摆不定。结果福王朱由崧利用江北四镇总兵及风阳总督马士英的势力，在军队的支持下，进入南京，建立了弘光朝廷。
南明内部这帮文武官员们，也不是省油的灯。他们想着的不是如何恢复明朝江山，而是如何确保自己在南明的政治地位。
比如说弘光政权的时候，史可法作为兵部尚书，是南京官职最高的人。本应该由他来组织选拔新任皇帝，可是马士英和四镇军阀为了争夺拥立之功，不等史可法等人同意，就擅自带着大军前来强行将朱由崧立为了弘光皇帝。
隆武政权内部也不安分，当时郑芝龙手握大权，架空了隆武帝朱聿键。朱聿键为了夺取皇权，索性就在大学士黄道周的帮助下，前往江西北伐。结果隆武帝惨败被杀，黄道周也因此殉国，而郑芝龙却选择投降了满清。