朱常洛虽然赢得了这场国本之争的胜利，被立为大明的太子储君，但他的母亲恭妃王氏却遭遇了最为悲惨的对待，万历二十九十月朱常洛被册封为皇太子后，移居慈庆宫（万历三十八年崇祯皇帝就在此地出生，清朝时期改为皇子居住的南三所），
而在此之前朱常洛（还有一女）和母亲王恭妃一同居住于景阳宫，景阳宫是紫禁城东六宫中最为偏远和冷清的地方，母子相依为命的在此一住就是十三个春秋，在得势的郑贵妃“关照”中，类似半隔离的“孤儿寡母”式生活境遇和郑贵妃“360°无死角”的监视下，王恭妃母子时刻处于极度恐惧中，她为了儿子朱常洛不遭毒手，夜夜看护，同床而眠，就是这样谨小慎微的活着还被郑贵妃污蔑成朱常洛经常去调戏宫女，淫乱后宫，幸得王氏的歇斯底里的辩解和祖母李太后保全，朱常洛才得以长大成人。
朱常洛离开后被，就剩下令万历和郑贵妃“无比愤恨“的王恭妃独自幽禁于景阳宫，十年内她们母子不得相见，直到万历三十九年（1611）九月九月十三日，王恭妃病危，朱常洛跪着哭求万历皇帝请求让他再见母亲最后一面。冷酷的万历帝一句话都没有说，只是点了点头，甚至都没有正眼看一看这位哭求的大明皇太子。
曾经几何，朱常洛多次经过景阳宫，只能是遥遥相望，他日夜思索着那里边的母亲是否安康，是否吃饱，甚至是否还活着，他曾一次又一次的在景阳宫外跪下叩首，祈求母亲能够活下来，好好活下来，能活到他成为大明天子的那一天，但他贸然闯宫与母亲相见的话则必要落下口实，郑贵妃必然十倍百倍的虐待自己的母亲王氏，自己的太子之位本就悬于一线，这样更会让父亲万历认为是忤逆，从而他们母子皆不得保。
这次他经父皇同意来到曾经与母亲一同居住十三年的景阳宫，没想到居然到了母子二人阴阳分别的时刻，他特地让随从内监带了一个食盒，食盒里放满了王恭妃爱吃的点心，尤其是最爱吃的桂花糕。当他们来到魂牵梦绕的景阳宫宫门的时候，眼泪就先淌了下来，（野史记载）景阳宫那两扇漆都掉没了的大门上挂着一把早已锈迹斑斑的铁锁，旁边不远处有一个比狗洞大上两三倍的墙门。四处杂草丛生，鸟屎的斑块几乎连成的一片，朱常洛命令太监找钥匙开门，但钥匙早已无法开启十年未动的锈锁，情急之下朱常洛让太监找来斧子，砍开了铁锁，合力推开宫门来到宫内。
大殿内的一幕让太子朱常洛惊呆了，大殿年久失修，一股霉糟之味扑鼻而来，墙角放着两个破铜盆，大殿上边的露水滴答滴答的掉入盆内，四周的金砖上也是尘埃遍地，墙角取暖用的地龙被黑黑的煤烟熏得乌黑，阳光照射进来裹着刚才打开殿门时未消散的尘土形成了一丝一丝的金线，照到了那早已被擦的油亮乌黑的几案上，仿佛诉说着这里的“主人“”顽强的生存欲望。在大殿的另一角，挂着一幅发灰的大蚊帐，帐下的床上躺着瘦骨嶙峋，头发花白的王恭妃。
朱常洛彻底崩溃了，他不敢相信眼前的一切，他见过皇贵妃郑氏的奢华无比的宫殿，但他的同样身为皇贵妃的生母却还不如被惩罚的宫女，他无法相信他的母亲是怎样熬过这十年的风霜。旁边的老太监指着老妇人，用那半阴半阳哭着对太子朱常洛禀报说：“殿下，贵妃娘娘苦矣”，宫人皆下跪痛哭起来。朱常洛眼含热泪，咬着牙用颤抖的声音小声说道：母妃，不孝儿朱常洛来了，我来。。。来迟了。
王恭妃突然睁开双眼，坐起身来急切的抬起双手在身前乱摸，说道：“儿啊，儿啊，你在哪呢，我怎么把你给丢了！”朱常洛再也忍不住自己的情绪，大哭着跪倒母亲的床前，王恭妃用尽全身的力气抚摸着朱常洛的脸颊，旁边的太监哭着对王恭妃说：“没错，是太子爷看您了来了！”又一个头磕在地上向朱常洛说道：“皇妃日夜思念太子，泪都流干了，早已哭盲了双眼！”王恭妃痛哭着对朱常洛说道：“吾儿成人，吾死无憾矣”，母子两人抱头痛哭，众内官宫女无不感动落泪。
留着一口气就盼着能再见儿子一面的王恭妃，气力衰竭，躺在床上无力再说一句话，就是手死死地抓住朱常洛的衣角，嘴巴一张一合的仿佛还有无限的思念和嘱托要讲给儿子听（也有王氏察觉有郑家人窥听，为保护朱常洛故而不语的一种说法）。朱常洛赶紧从太监手里抢来食盒，把桂花糕掰成小瓣喂入母亲的嘴里，哭着说：“娘啊，吃口吧，您不是最爱吃这个点心吗，您就吃口儿吧！”王恭妃连咀嚼的力气都没了，手还是紧紧地攥住朱常洛的衣角。酉时，在宫中苦熬了三十年的王恭妃安详的闭上了眼睛，年仅四十六岁，她在最后时刻见到了唯一的亲人--长大成人的儿子朱常洛，大明太子朱常洛和将来当上皇帝后再也无人敢欺负的朱常洛。更可悲的是，她的遗体后居然要在郑贵妃派的人监视下才让太子朱常洛为之收敛。
王恭妃去世，明神宗毫不在意，甚至还有一种大仇得报的快感，对王恭妃安葬之事，是极为刻薄的，依照万历的意思，在十三陵东井（集体埋葬嫔妃的地方）草草埋葬了事。但这又激起了群臣正义感，以首辅沈一贯、大学士叶向高为首的众臣数次上折，大学士叶向高上言，皇太子母亲贵妃去世，葬礼应当从厚。葬礼应当按明世宗皇贵妃王氏（庄敬太子生母）的规格办理，怎么能按未生育的妃子的规格埋葬呢？万历皇帝一听，大臣这又准备跟我杠上了，所幸不管了。结果王氏的下葬的问题又被一推再推，王氏的棺椁停放到了第二年的八月，足足十个月的时间，最终她还是被埋葬到了十三陵皇妃的“集体墓地”--东井左侧的平地岗，规格之低，陪葬之薄令人叹息。
