历史上祖大寿杀何可纲是在崇祯四年的大凌河之战中，当时祖大寿和何可纲一起被后金军队包围在大凌河城中，祖大寿是主将，初期，他们还在坚守待援，但明军在辽东的统帅孙承宗战法错误，不停的派小股部队（每次都是几千人）去救援大凌河城，结果不停被皇太极以围城打援的战术击败，明朝援军始终打不破后金的包围圈。
祖大寿和何可纲等不来援军，大凌河城里面又没有足够的物资，终于弹尽粮绝，于是祖大寿为保全自己，主动向皇太极投降，但何可纲坚持不降，被祖大寿抓到后金军帐前，当着皇太极的面杀掉了何可纲，祖大寿这么干的原因也很简单，给后金皇太极献上投名状。
至于祖大寿投降后金，是迟早的事，他这一辈子向皇太极投降过两次，除大凌河之战外，崇祯十五年的松锦大战后，他再次投降，而那时，后金已经改国号为清朝了。至于祖大寿降清的缘由？早在崇祯二年的“己巳之变”中就注定了，因为当时崇祯把袁崇焕下狱，要追究后金入关的责任，受袁崇焕提拔的祖大寿就被吓得赶紧逃到关外，并从此不在入朝。
祖大寿祖上从明宣宗时期就来到关外，一直为明朝戍边，是辽东主要将门世家，至袁崇焕就任蓟辽督师后，提倡“以辽人守辽土”，大力提拔和支持辽东将门，祖大寿因在辽东将门世家中的资历成为袁崇焕麾下辽东军团的扛旗之人，袁崇焕的这个政策也彻底造就了辽东军团（实质是祖大寿和他的妹夫吴襄两家）的崛起，在整个崇祯年间，他们都是独一无二的。
在袁崇焕把资源倾向于祖大寿后，祖大寿也抓住了这个机会，联合妹夫吴襄一起牢牢抓住辽东军团的兵权，排挤非辽东系，其中最著名的就是满桂和赵率教，全部被他们赶回关内，后来这两人都在“己巳之变”中战死。关外从此就是祖大寿说了算，因此，当袁崇焕下狱后，祖大寿敢于不听从圣旨逃回辽东，就是吃准了崇祯拿他没办法。
崇祯也的确拿祖大寿没办法，此后，多次召祖大寿入京，但祖大寿就是不去，假如去了，崇祯肯定会干掉他，这是毫无疑问的，他是崇祯朝出现的第一个敢听调听宣、且手握兵权的武将。崇祯还只能咬着牙不停地为祖大寿加官进爵，还不敢断掉给他的辽饷，原因显然是投鼠忌器，担心辽东军团投敌。
其实，“己巳之变”后，祖大寿就已经是在两面下注了，对于后金，在他的安排下，辽东军团只采取防御战略，绝对不会主动向后金进攻，谁来做督师都不行，也就是搞所谓的“养寇自重”，为什么不在袁崇焕被杀掉后就投降后金，原因也很简单，至少在崇祯执政的前期，虽然明军始终打不赢后金，但没有谁会认为后金会灭掉明朝。
明朝对后金或后来的清朝来讲，始终是个庞然大物，祖大寿在崇祯三年的时候，绝对不会想到后金会夺得关内的天下，最重要的是，祖大寿是辽东军团的扛把子，有权力分配朝廷供给的辽饷，每年数百万两白银可是好大一块蛋糕，要是投降了后金，以后就没有小钱钱拿了，皇太极可没有几百万两白银发给祖大寿和他麾下的辽东军团。
因此，祖大寿虽然恶了崇祯，但却一直坚持为明朝戍边，但也和后金眉来眼去，大凌河之战中，如果不是粮尽，祖大寿估计不会投降，毕竟，崇祯四年时的后金和崇祯十七年时的清朝，在实力上确实差上一大截，明朝也还是后金不可觊觎的，所以，祖大寿投降后还找准机会跑回了锦州，但他让两个儿子继续留在后金。
祖大寿这么干当然就是为了两面下注，他在辽东为明朝执掌兵权，皇太极就不会杀他的儿子，给祖家留下一条后路，双方可以继续打默契战，祖大寿在明朝继续拿辽饷、控制辽东商路赚大钱，也给后金的商路打开口子，大家一起在明朝身上吸血。而崇祯也只能眼睁睁看着，还不能把祖大寿这么样，崇祯其实心里很苦。
到崇祯十三年，祖大寿守锦州，再次被皇太极率领的清军包围，崇祯十四年，明朝派遣洪承畴率部救援锦州，至崇祯十五年三月，不但洪承畴被皇太极击败，十几万大军全军覆没，锦州城内的祖大寿也再次粮尽，于是祖大寿第二次向皇太极投降，双方有老交情，祖大寿当然继续没事，只不过皇太极不会再让他领兵了。
其实，崇祯十五年的时候，清朝虽然也一直压着明朝打，可还是没有干掉明朝的实力，祖大寿为何不再一次逃归明朝？原因也简单，大凌河之战中，祖大寿是偏师守大凌河，祖家军主力不在大凌河城中，因此，祖大寿从后金逃回明朝后，能继续掌控兵权，可松锦之战中，祖家军全军都在锦州城内，被清军一锅端，皇太极可不会傻到不收祖大寿的兵权。
就算祖大寿逃回明朝，手下无一兵一卒的他会很轻松的被崇祯干掉，当时辽东军团仅有的精锐是在祖大寿名义上的外甥吴三桂（他是吴襄的庶子，祖大寿的妹妹只是他名义上的母亲）手中，野心勃勃的吴三桂可不会把兵权交还给祖大寿这个名义上的舅舅，辽东军团在这个时候起已经从祖家军过渡到了吴家军。