先说结论：一般情况下，提督受地方总督节制，所以总督地位更高，权力更大。
现实的情况略有点复杂。
一、总督
总督主要分为三种：地方总督、漕运总督与河道总督。
地方总督是清朝最有权势的封疆大吏，统管一省或数省的钱粮谷税、军民政经，节制提督。
地方总督官阶正二品，一般挂兵部尚书，督察院右都御史衔，升为从一品；有的挂大学士，升为正一品。
漕运总督，在清朝大部分时间里专事漕运（以京杭大运河为主），个别时间也兼任巡抚，或者由两江总督等兼任。
官阶与地方总督一样，正二品，同样可挂兵部和都察院的衔。但是很少有挂大学士衔的。
▲李鸿章，曾任直隶总督、两江总督、湖广总督、两广总督
河道总督，清朝时，因为经常出现河水泛滥的情况，便承袭明制，设置河道总督。与漕运总督类似，河道总督大部分时间是专事河道，官阶也与河道总督类似。
大多数情况，漕运总督、河道总督与提督交集较少，不存在节制情况。
二、提督
提督统辖一省陆路或水路官兵，通常为清朝各省绿营最高主管官。官阶从一品，官阶与挂衔总督相同。
不过，因为大部分总督挂兵部尚书衔，所以提督要受其节制。
▲清末的巡防营，就是从绿营部队中精简出来的
提督可细分为陆路提督、水师提督和九门提督。
正常情况下，清朝在全国各地设置12名陆路提督，3名水师提督（福建水师提督、广东水师提督、长江水师提督）。
比较特殊的是九门提督，专属于京师，负责北京内城九座城门的守卫和门禁。因为关乎紫禁城的安危，九门提督是皇帝亲信中的亲信，不受直隶总督的节制。
以上。
参考资料：《清史稿》。