由于元统治者的扶持和倡导，书院也开始向北方地区的推广，这也是元朝书院的一大特色，与科举取士有密切的联系。科举取士南北配额倾向于北方，按《元史·选举志》载，书院诸生可以参加科试，而皇庆初年恢复科举考试时规定，北方的中书省及河南、陕西等行省取士额要比南方各行省高很多，这促进了北方书院的大发展。
如延佑年间全国新建13所书院，北方地区就有属于今陕西、河南、山东三省的性善、历山、洛西、伊川、鲁斋、渭上、学古等7所，占总数的53.8%;泰定年间新建8所书院，其中北方就有属于今山西、北京、陕西的谏议、晋山、 涑阳、雄山、横渠等5所，占总数的62.5%。北方地区书院发展迅速还与元朝占主导地位的蒙古、色目等少数民族士人参与书院建设有很大关系，也是元朝书院向北迅速推进的重要原因。
无论是扶持南方书院还是北方书院，元统治者的最终目的还是要逐渐渗透和控制这些书院为自己的统治服务。怎么控制？元朝有如下规定：“书院山长与学正、学录、教谕、教授一样，正式列为学官，其任命或“受礼部付身”，或“受行省及宣慰司札付”，并一体任转迁升。书院生徒也享受各级官学生的同等待遇，“自京学及州县学以及书院，凡生徒之肄业于是者，守令举荐之，台宪考核之，或用为教官，或取为吏属”。可见元统治者最终的目的还是要将宋遗民的入元不仕转变为元朝的一份子，为己所用。
这意思就是说，有能力的或有热心的人，都可以创办书院。即使没有申报官府，就私下创建了书院，官府也一般不闻不问。这与元朝中后期越来越严格且繁琐的书院创建审批程序形成鲜明的巨大反差。
元统治者对书院的支持，不仅保证了书院生源和正常教学活动，也没有持歧视态度。仁宗皇庆年间，恢复科举后，书院生徒可与州县学生一起参加考试，更可堂而皇之入仕。不仅如此，还特别“恩赐”那些六七十岁的参加会试的老“遗民”下第举人任书院山长，入官食禄，最后变“宋遗民”为“元臣民”，稳固其统治。
可见一些宋遗民从隐居不仕，到被委任为山长复出，走向仕途，最后成为统治者的一分子，这并不是个例。
全国基本都是这样，随着时间的推移，元统治者的和平演变瓦解了宋遗民的不合作态度。从开始准许宋遗民创建书院讲学，满足其怀念故旧的“遗民心态”，实际上是以学术自由来缓解政治上宋遗民普遍的反抗不合作情绪，然后又将山长纳入官僚体制，通过行政运转如升迁调动等来控制书院领导人，将书院山长转化为“自己人”，防止书院的自由发展成为有一定势力的群体，进而对元朝统治产生不满和威胁，而元统治者对书院的控制最有效的途径是书院的官学化。
三、书院的官学化趋势和宋遗民书院的衰落凋零
前面说到元统治者对宋遗民书院是扶持的态度，但专制集权的元统治者不可能让书院这样一个有着重大影响的教育机构，长期游离于集权统治之外的。对书院的政策也由元初的任其自由发展以缓和民族矛盾，到逐渐向书院渗透官学因素，向书院委派山长或任命创建者为山长，设置钱粮官管理书院经费等来控制书，又与科举考试配合，以功名利诱招纳宋遗民归附，变为统治者的“支持者”。
而随着时间的推移，宋遗民书院自身由于书院经费紧张、宋遗民年迈或谢世等原因，一部分书院走向衰落，而一部分书院为了生存发展只得向着官学化的方向发展。
此时宋遗民对待元统治者的态度也分为了两派，一派是坚定的抗争者，例如卫富益、刘君举等，他们不忘亡国之痛，屡荐不仕，至死不与元政权合作，以布衣讲学终老一生，民族气节值得敬佩。
元统治者除了掌控书院的人事管理，还控制着书院的经济命脉，通过设立“直学”钱粮官、提点钱粮等专职官员将书院所有的产业掌握手中。
当然书院的产业，除了官府拨置之外，还有士民官绅捐置、书院自置等其它来源。不过，无论其田地产业来源于何处，皆由“直学”掌管出纳。“直学”的职责是“掌管学库、田产、屋宇、书籍、祭器、一切文簿，并见在钱粮，凡有收支，并取教官、正、录公同区处，明立案验，不得擅自动支”。“直学”又有称作“钱粮官”、“提点钱粮”的，正是通过这样一些官职，元统治者将书院所有的产业掌握于手中。
元《尼山书院铭碑》碑首
综上所述，元初宋遗民秉持“春秋大义”不仕元朝，醉心于创建书院讲学传道、著书授徒以保持气节。元统治者知道采取强硬手段只会激化矛盾，不利于收买人心，转而扶持书院的建设，并设法控制，为己所用。元统治者为了达到渗透并控制书院的目的，通过委任山长，发展官办化书院，掌控书院的人事管理，控制书院的经济命脉等措施，将书院这一文化教育组织牢牢掌控，对书院的扶持，在客观上也使书院这一文化教育组织得到蓬勃发展。官办书院的发展最终瓦解了宋遗民的不合作态度，随着时间的推移，宋遗民学院因从业人员年迈或谢世、经费紧张等原因逐渐衰落凋零，而元统治者倡导的书院官学化，让“诸老儒及西蜀遗士，皆以书院之禄起之，使以所学教授”。面对元统治者的软硬兼施，宋遗民最后大多食元禄而效力元朝，元统治者最终达到了化解消除宋遗民抗拒元朝的不合作态度，可谓“道高一尺，魔高一丈”。
