1279年元灭南宋,崖山之役让南宋汉族读书人伤心欲绝,对蒙元恨之入骨，却无力阻挡。江南地区宋遗民身在元土，心系南宋，很多读书人和文化名人纷纷选择不仕元朝，不做‘贰臣’，纷纷加入兴复书院的队伍，在书院里继续讲经论道，避开现实的烦恼。
面对南宋读书人的非暴力不合作态度，元朝统治者没有选择铁骑横扫，反而对宋遗民兴建学院，讲学论道之举大力扶持，予以保护，整个元朝书院的发展也是如火如荼，并从南方兴盛到了北方。那么元朝统治者为何放弃武力征伐而采取这种温柔的方式呢？其实元朝统治者这么做是有着更长远地考虑，后面会说到，我们先来看下宋遗民创建兴复书院的历史背景。
一、宋遗民建书院，以延续“圣贤一脉”为己任，书院成南宋广大知识分子精神寄托之地，生活上的救济所。
1、宋遗民抗拒元朝，文弱书生保家卫国，创建书院不忘文化传承
元代初年，蒙元统治者虽然将南宋收入囊中，但南宋广大的知识分子阶层并不认同这个异族建立的政权，即便它武力天下第一。这些文化人将自己视为宋朝遗民，不愿与新政权合作，只认赵宋为君父之国，忠孝节义、精忠报国思想更是深深印入了宋遗民的心中。在国家存亡之际，很多知识分子甚至学生都担负起抗击外辱的责任，明知不可为，也要上刀山下火海。
岳麓书院师生抗击元军入侵最为壮烈，1275年，元军围困长沙，学生坚持读书，不废学业;元军攻城战斗激战正酣，岳麓书院数百名师生，放下书本，与宋朝军民一起守城;城破后大多自杀殉国，宁死不降，表现出极大的爱国精神。但宋朝军队都阻挡不了的蒙元铁骑，何况是读书人,他们或选择殉国，或落发为僧，或遁入山林隐而为道。而一些南宋士人、忠义之士选择非暴力抗元之路，坚持做宋朝遗民，不与新政权合作。
相当一部分宋遗民没有忘记文化传承，将满腔悲愤化为一种责任，将华夏文明继续下去的历史使命，他们纷纷开办或重修书院，教授生徒，倡明理学，以延续“圣贤一脉”。
湖南、江西、浙江等地宋遗民纷纷重修遭战火毁坏的书院或重新建立书院。有的自任书院山长（山长是书院主持或主讲教师），有的邀请德高望重的人来担任山长。宋遗民隐居办学，教授生徒，捐田千亩以赡之，面对元廷屡征不仕，有的即使书院被毁，继续移往他地，教学授徒不辍。如浙江卫富益坚持强烈的非暴力不合作政治立场，书院遭到暴力摧毁，因为有一定经济实力，其节义操守对民众具有道德感召力，迁居讲学照样兴盛。
2、宋遗民书院比官方书院的自主性更强，学术氛围浓厚，教学水平高，学习目的纯粹。
宋遗民书院继承与延续了宋代书院的讲学传统，比官方书院的自主性更强。宋代书院是学者著书立说、创立学派的场所，学术氛围浓厚。江南宋遗民书院经过了战火洗礼，无论是重建和新建的宋遗民书院依然保存着宋代书院具有的讲学传道之风。
宋遗民书院处理书院大小事务有极大的自主权。比如书院山长的人选，就是由创建人自己确立的，不需要经过官方的任何许可;书院师长的聘任，根据书院自身发展需要，或聘请，或自任讲席。宋遗民书院也没有官方书院中的钱粮官，书院经费及具体运用几乎都由创建者、山长自己掌控。并且，宋遗民书院可根据各自管理的需要制定各种学规、院规等规章制度。
宋遗民书院中讲学教授的内容也相对自由。几乎没有固定的教材，讲学教授内容完全取决于师长个人的学问爱好和人文修养。教授形式也更加随意。有的书院甚至可能以类似诗社、师生吟诗唱和成为主要的教学活动。同时，书院师长的理想和性格气质，也影响着书院生徒的日常生活。
如金门儒士丘葵，著名理学家朱熹的四传弟子，为学造诣深厚，享有“泉南名贤”美誉，还曾与谢翱、郑思肖两人并称“闽中三君子”。入元深自韬晦，拒不入仕，受他的影响，有元一代，金门地区没有一人应科考，也没有人为元臣。由此可见，宋遗民的理想和他们特有的气质，使宋遗民书院具有更加独立的性质，宋遗民兴办的书院学习目的更加纯粹，学术氛围比同一时期的官方书院要浓厚得多。
学术氛围好也离不开雄厚的师资力量，宋遗民吸收了一批南宋著名儒师及其门生，特别是山长的水平很高，据《宋元学案》记载，当时著名的山长有鲁斋书院的同恕、明经书院的胡炳文、景星书院的黄泽、双溪书院的赵介如、道一书院的程绍开、斋芳书院的唐良骥和金履祥、稼轩书院和的程端礼、文靖书院的欧阳龙生、高节书院的祝蕃等等，这些著名儒师在书院中自由地论道讲学，活跃了元初的学术氛围，也聚集了大批知识分子，其教学水平是比较高的。
3、书院为广大宋遗民提供了一个广阔的精神交流场所，心灵上找到了可以寄托的港湾
南宋灭亡令当时的知识分子痛心疾首，却又无力改变，只好一方面选择不与元政权合作，另一方面寻求对痛苦的解脱，渴望一个精神上可以寄托的港湾。
很多宋遗民想到了书院，江南地区宋遗民书院的出现不仅是为了传道受业解惑，还为大量的宋遗民提供精神交流的机会，在这里他们一起追忆先贤足迹，共勉遗民生活。从书院的创建者到邀请来的师长，再到前来求学的人，大多认同遗民身份，他们拥有共同的思想感情、共同的民族大义，有着相同的气节、趋同的价值取向，让他们可以在这里尽情地吟诗作赋，直抒胸臆。宋遗民书院成为宋遗民心灵可以寄托的港湾，精神上家园。