另一派如欧阳龙生、黄泽，先以遗民兴学民间，后被元统治者任命为书院山长，并转升学正、教授等职，食元之禄，由当初的宋遗民，变为元代的学官，这一派占遗民的大多数。正所谓此消彼长，随着元统治者倾向于官办书院，宋遗民书院逐渐走向凋零，官办书院发展势头迅猛。
书院的官学化服务于元统治者，书院失去其独立性，元统治者加强了对书院的控制，从源头上杜绝了书院游离于元朝统治者之外的可能。元世祖忽必烈至元末年，无论是官府还是民间，创建书院变得越来越困难，没有五六年时间拿不到申请批复，而究其主要原因就是报批程序复杂严格。
元朝初年，为了争取宋遗民，元统治者鼓励创建书院，只要有能力有才学有热情的人都可以创建书院，元廷还设官赐额进行拉拢，收买人心。随着元统治的稳固，情况发生改变，兴建书院不是谁想建就能建的，需要申报创建书院的公文需经县、州、府、廉访司、都使者、路、行省、宣慰使、中书省、吏部、礼部、集贤院、国子监等各级职能部门审查核准，逐级上报，待批准之后又要次第返回，其间是一个漫长的历程，甚至还要通关节打点走后门，因此，拿到批文并不容易。
以纪念孔子诞生的尼山书院为例。至顺三年(1332年)，五十四代袭封衍圣公孔思晦，决定修复尼山祠庙，置官奉祠，扩建成尼山书院，并推荐江西临川人彭璠为首任山长主持院务。为此，他具文向中书省报告。从至顺三年(1332年)动议，到至元二年(1336年)，前后历时五年之久，因为礼部尚书、中书左丞的大力支持，才最后得到批准，这还是朝廷有人支持和关照，没有权势和关系连想都别想。
批准创建书院后，还要委派山长，并将其纳入学官体制，山长的任免权掌握在礼部、行省、宣慰司手中，政府通过山长可以控制书院的内部事务。
