奥托二世英年早逝，其子奥托三世（983—1002年在位）即位时还是个幼儿，由其祖母、奥托大帝的第二个皇后阿德尔海德和母亲狄奥芬诺及她们的谋臣美因茨大主教、沃尔姆斯公爵摄政。皇太后狄奥芬诺是拜占庭—希腊人，诸侯不信任这个外国女人。小国王的堂叔、奥托大帝的侄子“强辩者”亨利在法国国王洛泰尔的支持下，绑架了小奥托。亨利表面上说自己是想接手小国王的监护权和教育权，防止外国女人专政，但实际上谁都看得明白，他是想自立为王。
在关键时刻，阿德尔海德和狄奥芬诺获得了美因茨大主教的支持。在大主教的精心策划下，诸侯们改变了态度，亨利的阴谋宣告失败。阿德尔海德和狄奥芬诺是德国皇室中唯一被正式承认的两个女摄政。狄奥芬诺的执政能力，丝毫不比700年后哈布斯堡皇族的特蕾西亚女皇逊色。在990年左右的一份历史文献中，她被恭敬地称为“上帝恩赐的狄奥芬诺女皇（皇后）”。
由于两位女摄政的努力，德意志北方终于获得了安宁，德意志境内的斯拉夫人也始终安然无事。狄奥芬诺还说服法国国王休·卡佩（此时法国王位已辗转落入卡佩家族的手中）放弃了其祖先在洛林的领地。991年，奥托三世的母亲去世，60岁的太皇太后全面接管了王国的政务，直到小国王亲政为止。
994年，奥托三世年满15岁。他是一个富有朝气和活力、智力过人、有教养的年轻人，决心追随自己那些伟大祖先们的步伐，实现自己对意大利和帝国的宏伟计划。但是，他首先要做的是将政权从自己祖母的手中夺回。阿德尔海德不忍看到家庭因此而分裂，便主动返回了意大利，将帝国的重担交给了年轻的国王。996年，奥托三世前往意大利，接受贵族们的致敬。在他前往罗马接受加冕的途中，教皇去世了，于是他任命了自己的堂兄弟私人牧师布鲁诺担任圣座，称为格里高利五世。此后，奥托三世来到罗马，顺利加冕称帝。但一等到他离开意大利北上，前往他所钟爱的亚琛皇宫，罗马人便另行推选了一位教皇，并赶走了他的那位堂兄弟。
奥托三世闻讯当即返往罗马，以极其残酷的手段镇压了这场叛乱，尔后在帕拉坦山建造了皇宫。他希望把德意志和意大利统一起来，甚至想把教皇的权力也拿到自己手中，变成一个像古罗马帝国和拜占庭皇帝一样集政权和神权于一身的帝王。奥托三世以基督教世界的领袖和耶稣的仆人自居，公开宣布君权神授。他还将罗马的宫殿改造成皇宫和帝国的行政中心，实行政教合一的拜占庭宫廷的礼仪。在进餐时，奥托三世专门制作了具有典型古罗马风格的一张半圆形方桌，以显示自己与臣民们地位的不同。他还用拉丁语、古希腊语来重新命名宫廷官员的头衔。格里高利五世去世后，奥托三世立法国人热尔贝为教皇，称西尔维斯特二世，继续保持对教皇的控制。
为了让自己对教会的控制合法，奥托三世不仅抛弃了祖父的《奥托特权协定》，还宣称《君士坦丁御赐教产谕》是伪造的。《君士坦丁御赐教产谕》大约是在查理大帝时代出现的一份文件，内容叙述君士坦丁大帝因教皇西尔维斯特的祷告，麻风病得以痊愈。在感激之余，他决定迁都至拜占庭，即后来的君士坦丁堡，目的是为了不让世俗政府妨碍教皇的属灵政体。
根据该文件，君士坦丁离开罗马时，下令所有教会圣职人员都要臣服于教皇西尔维斯特一世以及他的继承人。此外，君士坦丁还将罗马城和意大利所有的省份、地区和城市都交给教皇控制。奥托三世在毫无根据的情况下声称这份文件是伪造的，这当然引起了教廷的不满。1001年，罗马市民暴动，将奥托三世围困在他的皇宫里，他登上教堂的塔楼向罗马人哀求。尽管后来罗马人改变了态度，奥托三世还是被迫逃离了这个城市。不久，又传来德意志诸侯反叛的消息，奥托三世被迫放弃神圣罗马帝国皇帝头衔，过上了隐士生活。1002年，奥托三世去世，年仅22岁。据传，他是被人毒死的，死在离罗马40公里远的帕特诺城堡，没有留下任何子女。