在亨利三世时代，教会有三大恶习受到人们的严厉抨击：神职买卖、神甫结婚和教皇任人唯亲。亨利三世的前任，如奥托一世、亨利一世，还有他父亲都因出卖神职而收受了大量贿赂，因此，皇帝一直对教会买卖神职一事睁一只眼闭一只眼。到11世纪上半叶，教会的三大恶习进一步暴露，罗马甚至出现了3个教皇并存的怪现象。
1045年，教皇本笃九世想和自己爱慕已久的表妹结婚，因此放弃教皇位置还俗，并以高价出卖了教皇的位子。在罗马富甲天下的耶莱奥尼家族的支持下，格里高利六世买得圣座之位。次年，本笃九世婚事未成，要求复位，格里高利六世当然不愿意，于是形成对峙局面。这时，对两位教皇行径甚为不满的罗马贵族又选出一个新教皇，称西尔维斯特三世，形成了3教皇鼎立的局势。
亨利三世把自己视作上帝在世间的代理人、当代的大卫王。他不能对神职买卖和格里高利六世以如此的方式成为教皇熟视无睹。在宗教改革运动克吕尼教派的影响下，亨利三世决心清洁教会，结束买卖神职的肮脏交易。
他颁布了一项帝国法律，不允许为钱而授予他人任何宗教职位和神职。他还公开宣称，正如自己的国王头衔是上帝出于慈悲而无偿授予的，国王也要无偿地为上帝的神圣教会授予一切。因此，在1046年苏特里举行的宗教会议上，格里高利六世和西尔韦斯特三世均遭到亨利三世的罢免；此后，亨利三世在罗马召开教会会议，解除了本笃九世的职务。亨利三世决心寻找一位非罗马人担任新教皇，以保证教廷不再受到罗马政治生活的干预，并使教会能够从最高层展开改革。在这种情况下，根据亨利三世的提议，班贝格大主教苏伊德格继任教皇，改称克莱芒二世。克莱芒二世继续保持他在德意志主教区的收入，但付出的代价是他必须处处唯亨利三世马首是瞻。
克莱芒二世接任教皇一职的第二天，即1046年的圣诞节，他在圣彼得教堂为亨利三世夫妇举行了皇帝加冕仪式。在弥撒后的演说中，他严厉谴责了买卖神职之举，并因此而使宗教改革运动置于自己的领导之下。由于他在1047年10月突然去世，克莱芒二世对这场宗教改革未能发挥指导作用。随后，亨利三世又指定了一位新的教皇。
但是，一些大主教和罗马贵族却倾向于让本笃九世复位。本笃九世趁机活跃起来，靠贿赂重新登上了教皇宝座，并控制了整个罗马城。远在德意志的亨利三世闻讯大怒，他立即命令自己新任命的教皇随同帝国军队远征罗马，赶跑了本笃九世。但时隔不久，这位新教皇又意外死亡。亨利三世任命的两个教皇接连无端暴毙，令其非常愤怒和无奈。1048年秋，亨利三世任命自己的堂弟、阿尔萨斯—洛林的图尔大主教布鲁恩为教皇，并加强了对教皇的支持与保护。布鲁恩便是天主教会史上有名的利奥九世。