努尔哈赤在发展军事实力的过程中，建立了“八旗”制度。八旗制度是满族“兵民合一”的特殊社会组织形式。它既统兵，又统民；既是军事组织，又是行政组织。
八旗制度的起源和演变，有一个漫长的发展过程。它最初起源于女真族社会的狩猎生产组织。《满洲实录》载：
前此，凡遇行师出猎，不论人之多寡，照依族寨而行。满洲人出猎开围之际，各出箭一枝，十人中立一总领，属九人而行，各照方向，不许错乱。此总领呼为牛录(意为大箭)额真(意为主),于是以牛录额真为官名。
牛录额真就是大箭主，原是狩猎时十人的首领。后来随着女真社会的发展，逐渐演变成官名。所统领的人数也增加了。前文述及，万历十二年(1584年),努尔哈赤起兵的第二年，他率兵攻克瓮郭落城时，俘获了曾在战场上射伤过他的鄂尔果尼和罗科两人，为了嘉奖他们的勇敢精神，“乃擢鄂尔果尼、罗科为牛录额真，统辖三百人”。可见当时努尔哈赤已有以三百人为一牛录的军事组织，而牛录额真也已成为一种官职名。
其后，努尔哈赤的军事力量日益扩展，于是便在牛录组织的基础上又有了“旗”(固山)的建制。《清太祖武皇帝实录》在叙述万历二十一年(1593年)古勒山战役时，已有这方面的记载：“上至古勒山，对黑济格城据险结阵。令各旗贝勒大臣，整兵以待。”
努尔哈赤先是创建四旗，《清会典则例》有比较详细的记载：“太祖高皇帝辛丑年(万历二十九年),满洲生齿日繁，诸国归服人众，设四旗以统之，以纯色为辨，曰黄旗、日白旗、日红旗、日蓝旗。”到了万历四十三年(1615年),努尔哈赤除已统一了建州女真外，又征服了海西女真的哈达、辉发和乌拉三部，以“归服日众，乃析为八”。除原来的黄、白、红、蓝四旗外，再增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，黄、白、蓝旗镶红边，红旗镶白边，共为八旗。《清太祖武皇帝实录》载：
上既削平诸国，每三百人设一牛录额真，五牛录设一甲喇额真，五甲喇额真设一固山额真，每固山额真左右设两梅勒额真。初设有四旗，旗以纯色为别，日黄、日红、日蓝、日白。至是添设四旗，参用其色镶之，共为八旗。
从上述编制推算，一个“固山”拥有部众七千五百人。固山额真即为“旗主”,由满洲贵族担任。努尔哈赤为八旗的共主(最高统帅),并亲领两黄旗，次子代善领两红旗，第五子莽古尔泰领正蓝旗，第八子皇太极领镶白旗，长孙杜度领正白旗，侄阿敏领镶蓝旗。
努尔哈赤除亲领两黄旗以外，还有卫队巴牙喇(也称拜哈罗)五千余骑。《建州闻见录》载：“胡语呼拜哈罗者，奴酋之手下兵也，五千余骑，极精勇。”各旗旗主也有“巴牙喇”的卫队组织。八旗之间是同等的平行关系，他们各自向努尔哈赤负责固山额真、甲喇额真、牛录额真，既是各级军事首领，又是各级行政长官。编入八旗的人户，称为“旗人”。努尔哈赤通过各级额真，对他的部民进行统治。
凡有杂物收合之用，战斗力役之事，奴酋令于八将，八将令于所属柳累将，柳累将令于所属军卒，令出不少迟缓。
战争中抢夺得来的土地人畜财物，要按八旗来分配，“令八家之中，遇有所获，即衣食之类必均分，毋私取焉。故豫立规制，俾八家各得其平”。这种八旗制度，是与满族的社会经济情况相适应的，因它原是狩猎畜牧民族，兵民是不分的，在这一基础上建立起来的八旗制度，也就成为既统民又统兵的“兵民合一”的社会组织形式。“其制以旗统人，即以旗统兵”。出则备战，入则务农。各级贵族，分别担任牛录、甲喇、固山“额真”,成为上下各级管兵、民的官员。
努尔哈赤以这种形式把分散的女真各部严密地组织起来，从事生产和战争，既使军需物资不致匮乏，又有充足的兵源，保证了统一战争的顺利进行。八旗组织，除了满洲八旗之外，天启元年(1621年)开始设置蒙古牛录，第二年设蒙古旗，到崇祯八年(1635年)扩充为蒙古八旗。崇祯四年清太宗皇太极把满洲八旗中的汉人调出，另编一旗。崇祯十年增设汉军为二旗。
崇祯十二年(1639年)增设汉军为四旗。崇祯十五年由于汉军人数增加，增设汉军为八旗。这样，八旗制度中有满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗，共为二十四旗。但习惯上仍称为八旗。