晚清政治中慈禧专权跋扈人所共知。然而其专权跋扈亦非无所顾忌。考慈禧专权之中有两人往往为慈禧所惧。
慈禧所惧的其一是惇亲王奕誴。
他是咸丰皇帝的异母兄弟，恭亲王奕诉的异母哥哥，排行第五。自幼就好抱打不平，性情有些暴躁。长大后作风正派，治事严谨，在宗室当中很有威望。不法的宗室真是怵他三分。
自从其兄咸丰帝避居热河行宫，英法联军烧毁圆明园，接着咸丰又死于热河之后，他的心情非常忧郁，往往借酒浇愁。同治继位，两宫垂帘，他自己常感觉有时精神恍惚，因此政务则交给了六弟奕?，军旅之事则由七弟奕暇承担，而他自己便赋闲颐养。尽管如此，但每遇国家大事，两宫则必然要请惇亲王入朝参与决断。
同治八年，慈禧宫中的受宠太监安得海，借着慈禧的势力到山东任意敲诈勒索，并自称是钦差大臣，结果被恭亲王奕?得知后，便在慈安的默许之下将安得海杀了。这事发生后慈禧便向慈安大闹，不依不饶地说慈安欺负她。奕?见此事自己无力解决，便将惇王奕誴请了来。惇王见到慈禧后便指出，斩安得海这件事法当如此。因祖制规定，宫中太监不许私自出京城一步，若有违制者，定斩不放。慈禧听后，虽然心里愤愤不平。但碍于祖制只好表面上听从了他。
自此以后，国事也罢，家事也罢，惇亲王常参加决断。当朝的官吏凡有玩忽职守的，他必如实地告知督察院，然后转奏皇帝加以制裁。宗室有犯法的，他必按祖制绳之以法。所以同治一朝，慈禧还没有特殊的举动。惋惜的是同治死后，他也由于忧愤而渐渐沉于酒色之中了。
慈禧所惧的另一个人便是丽妃。
丽妃，他他拉氏。是主事庆海之女，咸丰五年被封为丽妃。咸丰的长女荣安固伦公主就是她生的。她为人正派，明惠婉丽。历朝屡晋徽号，至光绪朝已在妃前加了“皇” “贵” “太”三个字了。因此当时她的称呼应是丽皇贵太妃，到了晚年她虽长斋念佛，然她那刚直的性格仍然如故，处世一直是严肃的。
后宫中日常生活的事情，如有明显违制越轨的，她必申明定制或以家法加以裁处。由于慈禧与她同辈且年龄比她小，丽妃为人正派又是长公主的母亲，所以慈禧对她也有所惧。为了减少矛盾，平素慈禧禁止两宫太监往来。除了必要的礼节往来外，两宫很少通消息。关于李莲英深得慈禧之宠为非作歹之事，丽妃也有所耳闻，因此对他非常厌恶。为此事她曾多次建言于慈禧，然而慈禧知道丽妃深居简出，天天念佛抓不到什么具体的把柄，因此总是不听丽妃的规劝。
后来光绪被幽于瀛台，丽妃很是痛心，但是爱莫能助。一日，李莲英来到丽妃宫中拜见。丽妃见李莲英帽上有珊瑚顶，便大加责备。李蓬英非常狡猾地连向丽妃磕了几个响头，并解释说，因为太后方才赏戴，所以奴才马上就来您这里奏明的。丽妃挥手使他离去，接着便来见慈禧，向她说明祖制无有赏太监二品顶戴的。 (清制二晶官员帽子上的顶为红珊瑚所制）慈禧虽然觉得很不是滋味，但碍于祖制，只好让李莲英将其帽子上的红顶摘去。
自此以后直至丽皇贵太妃去世之前，李莲英不敢恣意胡为，慈禧也只好约束一些自己的非礼之举。