在隋唐系列小说中，秦琼一直是以男一号的身份存在，因此他在各个版本的隋唐中都自带“主角光环”，其具体表现为：在押送犯人的途中救了李渊一家，后来李渊成为了唐朝的开国皇帝；落难在天长县时，结交了最要好的朋友单雄信；被发配北平府时，不曾想北平府的镇边北平王却是他姑父；替济南帅唐壁到京城送寿礼，无意间又遇到了自己的姨夫昌平王邱瑞；按理说这样的主角光环已经够厉害了，但是更厉害的还在后头，靠山王杨林非常器重秦琼并死乞白赖非要收他为义子！
靠山王杨林是隋炀帝杨广的叔叔，他手握重兵坐镇沿海登州城，可以说他在大隋的地位是“一人之下，万人之上”，能做他的义子可以说是很多人梦寐以求的事。然而秦琼却不愿做杨林的义子，因为他在看到杨林送给自己的虎头錾金枪时，知道了杨林是自己的杀父仇人。都说“杀父之仇不共戴天”，秦琼本应该杀了杨林替父报仇，但是他又打不过杨林，所以只能选择留在杨林身边伺机报仇！
之后，贾家楼四十六友在济南府反了大隋，而在反隋人员的名单上就有秦琼之名，随后在未婚妻张紫嫣的帮助下，秦琼单枪匹马反出了潼关，在这一过程中，杨林带兵追赶秦琼，而秦琼三挡杨林并承诺以后饶他三次不死！
其实对于秦琼来说根本打不过杨林，毕竟杨林在隋唐十三杰中排名第八，而秦琼在十三杰中排名最末，但是秦琼有两个兄弟打杨林却绰绰有余，分别是罗士信和罗成。在杨林一打瓦岗时，秦琼带着傻兄弟罗士信去打杨林，结果罗士信一棒将杨林的水火虬龙双棒打断一根，正在罗士信要取杨林性命时，秦琼阻止了罗士信，这是秦琼第一次饶杨林性命！
同样是一打瓦岗，杨林摆下一字长蛇阵，结果瓦岗请来罗成破阵，在这一战中，罗成枪挑魏文通和定彦平破了长蛇阵，杨林见此情景落荒而逃，不曾想又遇到了程咬金带着罗士信拦截，因为事先秦琼曾跟罗士信说了留杨林一命，所以这次杨林又得活命，这是秦琼第二次饶杨林性命！
在扬州玉玺会后，秦琼和罗成遇到了杨林，罗成要杀杨林，而秦琼却阻止了罗成，因为有秦琼的阻止罗成才放过杨林，这是秦琼第三次饶杨林性命。然而杨林眼见大隋已亡，不愿苟活于世，最终自刎身亡！
当然，还有一个版本是，秦琼阻止罗成杀杨林，但是罗成没听秦琼的话，最终用“回马枪”枪挑了杨林！