忠王李秀成在《自述书》中说：“得苏州，而无杭州，如同鸟之无翼”，夺取杭州成为他一大心愿，并付诸行动。1860年3月，李秀成执行“围魏救赵”计划，夺取杭州，随即率军撤出，返回天京围攻“江南大营”，杭州得而复失。1861年7月，李秀成从武昌城下撤兵，没有就近去增援安庆，支持藤县老乡陈玉成作战，而是返回苏南，准备攻取杭州。
11月，李秀成大军开始围攻杭州，这是太平军第二次攻取杭州。此时，杭州将军瑞昌、浙江巡抚王有龄、提督饶廷选（曾在衢州城下吊打石达开）坐镇城内，兵马4万余，但战斗力堪忧，不是太平军对手。此时，曾国藩担任两江总督，节制苏、皖、浙、赣四省军务，却拒绝发兵救援杭州，坐视王有龄败亡不顾，太平军第二次夺取杭州，城内官员被一锅端。
1861年7月，李秀成从武昌返回浙江，准备经略江浙基地。10月中旬，李秀成大军奔袭严州府城，顺利夺取：谭绍光、郜永宽继续推进，占领余杭，与陈炳文部汇合，兵锋直逼省会杭州，并于28日占领武林门外卖鱼桥，王友龄心急如焚，却无可奈何。
11月3日，李秀成亲临前线指挥，攻取西湖沿岸。在此处，李秀成祭祀岳坟，缅怀当年岳家军抗击女真之事迹，激励将士击杀清兵，夺取杭州。岳飞是抗金英雄，而清朝又是女真建立起来的另一政权，李秀成此时祭祀岳飞，其用意是可想而知。4日，祭祀岳坟结束，李秀成出兵进击林福祥部清军，斩首千余级，继续向前杭州推进。
5日，饶廷选率5000兵马出城迎战，扎营馒头山。饶廷选亲自督战，但清军畏惧战斗，馒头山很快就被太平军占领。夜晚，太平军沿着杭州挖掘壕沟，修筑堡垒，准备攻坚战斗。
江南八旗、绿营战斗力太差，杭州危在旦夕，浙江巡抚王有龄很着急。为此，他向朝廷请求援助，希望能派遣僧格林沁南下，“统带京营劲旅略东南”，让关外八旗消灭太平军，清朝自然不答应。僧格林沁麾下东三省、蒙古马队，乃清朝最后看家资本，若是被太平军消灭在江南，清朝也就玩不转了。
僧格林沁注定不会南下，王有龄只好向曾国藩求助。此时，曾国藩是两江总督，并借助浙江、安徽、江苏、江西等4省军务，救援杭州是他职责所在。那么，曾国藩会率湘军主力前往杭州，大战李秀成军团吗？答案是否定，朝廷下令曾国藩增援，他婉拒了；后实在没办法，只好派左宗棠去“救援”，“即日当具折请辞，而推阁下督办浙江军务。”
左宗棠去救援杭州，不是真的去。曾国藩、左宗棠配合很好，只是在江西、浙江边境一带逗留，王有龄自杀后，左宗棠才率大军进入浙江，与太平军战斗。
曾国藩为何不去救援王有龄呢？其实很简单，王有龄是前任两江总督何桂清的人，而自己与何桂清又是死敌，怎能去救援对方呢？左宗棠战败，朝廷追究责任，湘军自然倒霉；左宗棠取胜，王有龄继续担任浙江巡抚，左宗棠岂不是为他人做嫁衣了。此时，曾国藩正在极力建构“湘系王国”，控制东南，岂能允许非湘系成员存在呢？
李元度，三次拯救曾国藩于危难之际，却差点被他害死。徽州之战惨败后，曾国藩为了推卸责任，上疏参劾李元度，朝廷撤去他一切职务。此时，王有龄伸出橄榄枝，让李元度来做幕僚，给他东山再起之机会。李元度为了感恩，回湖南老家招募8000“平江勇”，亲自率兵前来解围。结果呢？王有龄战败，曾国藩弹劾李元度救援不利，朝廷再次将其撤职。其中之缘由，想必大伙都了解。
没等到援军，李秀成军团又持续不断的发起进攻，杭州将军瑞昌又保存实力，不让八旗兵出城迎战，只想让绿营充当炮灰，王有龄绝望了。12月中旬，谭绍光、陈炳文、邓光明、郜永宽攻破清波门，第二次夺取杭州。城池陷落之际，王有龄上吊自杀；提督饶廷选、布政使麟趾、按察使方焕文、粮道暹福、候补道胡元博、朱琦、彭斯举被击毙；总兵米兴朝、林福祥等被俘虏，杭州城内清朝文武官员被一锅端。
拿下杭州后，瑞昌继续死守满城，也就是内城，率八旗兵抵抗。此时，李秀成为了减少部队伤亡，书信瑞昌，希望他能主动撤退，保证不追击；若是没有路费离开，太平军还可以发给路费。如其在《自述书》言：“愿给舟只，尔有金银，并可带去；如无，愿给助资，送到镇江为止。”可以说，李秀成很有诚意。
瑞昌呢？认为八旗劲旅可以一战，拒绝主动撤兵。如此，李秀成发起进攻，一天就拿下了满城，瑞昌被迫自杀，满城内居民丝毫不受影响，太平军完全占领杭州。
李秀成此次攻打杭州，过程比较顺利。曾国藩派系意识浓厚，拒绝派湘军增援杭州，王有龄被迫自杀，清朝内部之矛盾、倾轧可想而知。夺取杭州后，李秀成下令收殓王有龄，让500清军护送他回侯官老家安葬（林则徐故乡），还给三千两白银当路费，并下令沿途士兵不得阻拦。其余官员，归顺者留下；不想做官，则发放路费回家，自由选择。
可以说，李秀成很注重笼络人才，注重分化敌军阵营。但是，过于仁慈，也未必是好事，李秀成很快就要吃亏了。
参考书目：《太平天国通史》、《李秀成自述》