公元前338年，秦孝公病危，《战国策》记载秦孝公临死前打算传位给商鞅，商鞅坚辞不受。秦孝公去世后，公子嬴虔诬陷商鞅谋反，商鞅带领邑兵与变法后的秦军作战，死于自己训练出来的秦国新军，尸体被带回咸阳车裂示众。商鞅原本可以有一个更好的下场，问题的关键就在秦孝公的哥哥嬴虔。
嬴虔虽然是秦孝公嬴渠梁的哥哥，但却是庶出，理论上没有继承权，嬴虔是坚决支持商鞅变法的。之所以嬴虔要杀掉商鞅，是因为商鞅对他实行了劓刑，割掉了他的鼻子。新法在秦国施行后，太子嬴驷不小心触犯了新法，刑罚不能加于未来的继承人，于是太子的老师嬴虔和公孙贾被处罚，公孙贾被处以墨刑，脸上刺字涂上墨，都是没脸见人的刑罚。
以商鞅之作派，为什么不处以更委婉的刑罚呢，比如罚俸禄、降官职等。只要不是让对方没脸见人，说不定嬴虔和公孙贾都会感恩戴德，成为新法最有力的支持者，实在是没必要一次就把贵族之首、百官之首得罪个遍。《史记》评价商鞅刻薄寡恩，作茧自缚，其实商鞅聪明得很。
早在商鞅魏国做中庶子的时候，公叔痤临死前向魏武侯推荐了商鞅，如果不用就建议把他杀掉。公叔痤见魏武侯不用商鞅，于是赶紧把卫鞅叫来，说让他赶紧离开魏国，魏侯要杀他了。结果卫鞅直接回答，魏侯既然不会用我，自然就不会杀我。等到为公叔痤守孝完毕，商鞅才离开魏国。把事情看得如此透彻明白，商鞅难道不明白处嬴虔劓刑的后果吗？
其实与秦孝公不无关系。秦孝公发布求贤令，有能出奇计强秦者，愿意加官进爵、裂土封王在所不惜。而秦孝公做到了，商鞅变法后秦孝公转为幕后，商鞅可以说成为了秦国实际上的国君，秦孝公兑现了他的诺言。可是商鞅知道他手中的权力来自于秦孝公，假如商鞅接连贵族大臣，秦孝公就不会再信任他，新法也有可能失败。
于是为了稳定新法、稳定秦孝公、稳定自己的地位，商鞅必须冷酷对待贵族、百官，把秦国的实权人物都得罪个遍，削了秦王哥哥的鼻子，彻底得罪了宗室权贵，往公孙贾脸上刺字，彻底得罪了文官集团，处罚太子的太子师和太子傅，把太子也得罪了。这样大家都等着秦孝公去世，好对商鞅进行清算，新法展示了严苛的一面，贵族大臣们轻易不敢对新法下手。
商鞅明白自己的权力来源于秦王，为了让权力的源泉放心授权给予更大的权力，主动通过得罪宗室、得罪太子、得罪文官、得罪百姓，把能得罪的群体全得罪个遍，这样秦孝公才能放心。商鞅这样的大臣是孤臣，不必担心他会拉帮结派、意图谋反。假如商鞅没有处罚嬴虔、公孙贾，反而是到处收买人心，恐怕商鞅早就被杀戮，变法早就失败了。
商鞅虽然最后下场很惨，却用自己的肉身保证了变法的稳定施行，奠定了秦灭六国的基础，而且商鞅变法奠定了中国古代两千多年的政治格局。商鞅的历史评价虽然褒贬不一，但总体上贬低商鞅的多是文人，而实权派如李斯、诸葛亮、桑弘羊、王安石、李德胜等都推崇商鞅，这正是商鞅变法的魅力所在。