朱元璋建立统一强大的明王朝之后，一方面并不放松对北元朝廷的攻击，多次派兵北伐，另一方面对境内的蒙古族实行怀柔政策，他基本上做到了对全国各民族平等对待，朝廷中有很多蒙古人做到高官。为了加强对蒙古族的同化，朱元璋要求明朝境内的蒙古人必须学习汉语，写汉字，穿汉服，蒙古服饰是坚决不允许穿的。
朱元璋要求蒙古女人必须嫁给汉人，否则会被归为奴籍，或者直接处死。在针对北元朝廷的讨元檄文中，朱元璋明确强调，只要蒙古人归降，他不会对蒙古人横加杀戮。在大明王朝的不断出击下，很多北元部落归顺了明王朝，明朝对这些归顺的蒙古族大加怀柔和羁縻，在蒙古草原的东西部，漠南蒙古，甘肃北部和哈密等地设立了20多个蒙古人组成的卫所，给予其一定的自主权，以安其心。这是蒙古人的卫所，仍由原先的蒙古族封建领主按照原先的统治方式进行管理，这些蒙古人卫所发展很好，成为了明朝边境与北元朝廷之间建立了一道坚固的屏障，也不断诱使北元部落投靠大明，较好地维护了北大明王朝北部边境的安定。
明朝皇帝在归顺的蒙古人眼中就相当于隋唐时期的大汗，这种思想上的强化作用也是有着非凡政治意义的。逃到漠北的北元朝廷在明朝的不断打击下，内部开始分化瓦解，成四分五裂状态。蒙古先是分裂为东西两部，东部蒙古活动于漠南和漠北一带，以黄金家族后裔为首领，称之为鞑靼，在朱棣5次北伐后遭到了毁灭性打击，一度衰落。西面蒙古是瓦剌部，在鞑靼衰落之后一度兴起，主要活动在漠西地区。
15世纪蒙古各部在达延汗的统治下，一度短暂统一，但很快随着达延汗的去世，又再度分裂为漠北蒙古，漠西蒙古和漠南蒙古三部分。其中漠南蒙古西部的俺答汗注重与大明王朝搞好关系，发展贸易往来，与大明的关系较为融洽。其中最不服中央统治的也是日后最大的祸患便是漠西蒙古出来的准噶尔部落，给清朝造成了巨大的麻烦，从康熙开始一直到乾隆，花了三七十年时间才予以最终予以平定。