公元184年，张角三兄弟，高喊“苍天已死，黄天当立。岁在甲子，天下大吉”。这场太平道领导的起义，很快就席卷了大汉十三州。他们以“土德”为尊，头戴黄巾，后人称之为“黄巾起义”。黄巾起义，主要发生在3大地区：1.以巨鹿为核心的冀州；2.以颍川为核心的豫州；3.以南阳为核心的荆州。
中平元年，黄巾贼起，特选拜豫州刺史。辟荀爽、孔融等为从事，上除禁党。
王允临危受命，出任豫州刺史，正面抵挡黄巾军的锋芒。颍川荀爽、与让梨的孔融，也征辟为了刺史从事。在这场交锋中，王允等人的表现异常亮眼：
讨击黄巾别帅，大破之，与左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊等受降数十万。
王允披甲上阵，一举击溃了黄巾大军。并与皇甫嵩、朱俊等人，一起接受了数十万黄巾军的归降。这次大胜，彻底改变了王允的人生轨迹，他发现了一个秘密——张让私通黄巾军。
于贼中得中常侍张让宾客书疏，与黄巾交通，允具发其奸，以状闻。
王允整理物资时，在黄巾降军中，意外发现了“十常侍”张让门客的书信。一个选择性难题出现了，弹劾还是沉默？此时的“十常侍”，深受汉灵帝信赖，弹劾张让的下场，必定很是凄惨。
王允并没有过多的犹豫，他写好了奏折，呈报给了汉灵帝。这份奏折，一石激起千层浪，不仅让宦官、朝臣意外，就是汉灵帝本人，也是雷霆大怒。
灵帝责怒让，让叩头陈谢，竟不能罪之。而让怀协忿怨，以事中允。明年，遂传下狱。
汉灵帝斥责张让，张让跪地辩解，拒不承认私通黄巾。加上汉灵帝念及旧情，谋反大罪竟然不了了之。怀恨在心的张让，第二年就给王允安插了罪名，打进了大牢。
会赦，还复刺史。旬日间，复以他罪被捕。
幸运的是，王允命不错，第二年大赦天下，又做了刺史。张让很不开心，没过几天，就又找了个罪名，将王允打进了大牢。他用现实告诉了王允，什么叫老天眷顾，不如朝中有人。
司徒杨赐以允素高，不欲使更楚辱，乃遣客谢之曰“君以张让之事，故一月再征。凶慝难量，幸为深计”
司徒杨赐知道王允的品性，不忍心他为张让所害，就派门客给他带话：“你因为得罪张让，一个月连下两次大狱，大丈夫能屈能伸，就低低头吧”！王允始终刚正不阿，身居大狱，而不失气节。
既至廷尉，左右皆促其事，朝臣莫不叹息。
廷尉府审判王允时，朝中大臣没有不为他叹息的。大将军何进、大尉袁隗、司徒杨赐，联名上书伸冤，汉灵帝才免了他的死刑。不过因为张让的原因，依旧不肯放王允出狱。
是冬大赦，而允独不在宥，三公咸复为言。至明年，乃得解释。
第二年，大赦天下，但在张让的走动下，唯独不赦免王允一人。大将军何进、大尉袁隗、司徒杨赐等人，又一次联名上书，汉灵帝才将王允放出，贬为庶民。
当王允再次进京之时，灵帝已经驾崩。王允接受了大将军何进的拉拢，一起对抗张让为首的“十常侍”宦官团体。
张让害死了何进；袁绍、袁术诛杀了宦官；董卓入了京城；东汉正式分崩离析。王允、卢植保护的少帝，被边将董卓废了皇位。此刻，王允、卢植为代表的大汉忠臣，才发现没有兵权的他们，对董卓来说不值一提。
允矫情屈意，每相承附，卓亦推心，不生乖疑，故得扶持王室于危乱之中，臣主内外，莫不倚恃焉。
王允明白，不除董卓，汉室不宁。他表面屈从董卓，为他稳定朝政，接受温侯之位。取得了董卓的信任，私下则联合大汉忠臣，图谋刺杀董卓。
允见卓祸毒方深，篡逆已兆，密与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等谋共诛之。
多番走动之下，王允拉拢到了吕布。董卓入未央宫之时，吕布率领亲兵十数人，刺杀董卓于皇宫之中。一时间，举国沸腾。王允等人，仿佛看到了大汉中兴的一幕。董卓死了，那未央宫，又将变得威严庄重了，王允默默地想到。
可是王允很快，发现情况不对：凉州董卓余部，如狼似虎；朝中吕布，野心勃勃；关东袁绍、袁术、曹操等人，虎视眈眈。王允一脸苦笑：没有了董卓的大汉，好像一样没救了。
城陷，吕布奔走。布驻马青琐门外，招允曰“公可以去乎”！
在贾诩建议下，李傕、郭汜率领十多万西凉军，攻克了长安城。吕布兵败归城，于城门处大喊：“叛军将至，王公一起走吧”！
允曰“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也。如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，临难苟免，吾不忍也。”
王允摇了摇头，布满血丝的双眼，看着城下的吕布和远处的叛军。声音嘶哑地说道：“少帝年幼，大汉危矣，我就不走了。今日唯有死去的王允，没有逃窜的尚书”！
怒力谢关东诸公，勤以国家为念。
望着吕布远去的身影，王允猛然抬起头颅，声嘶力竭地大吼了一声：“吕布，求求关东诸公，让他们多为国家和陛下，考虑考虑吧”！