木兰秋闱
天花是人类历史上发病率与致死率都最高的传染病。天花肆虐范围广、传染性强、死亡率高，让人们闻之色变，听之胆寒，是整个人类挥之不去的魔咒。大清王朝200多年的历史，就是与天花作斗争的历史。有清一代，天花曾多次泛滥，为害生灵，清史上多起清宫疑案也与它有关。
入关前的清太宗皇太极时期，在营旗城堡周边设立有庙宇，遇到瘟疫，会第一时间把出痘（患天花病的俗称）的人挪到庙宇中单独安置，由师傅照看，大多数人最终还是死掉了。其他的人就搬离堡子，在外面采用隔离的方式。在当时的京城盛京（今沈阳）郊外有个天宁寺，就曾作为皇太极躲避天花的地方。皇太极往南出兵劫掠大明的时节往往在春冬两季，一到夏秋季节就撤军。选择粮草运输困难的季节出兵，这似乎违背常识，其实这都是为了防备天花。每当皇太极派部队入关时，都会谨慎地选择那些已经出过痘的将领率队，并且特别要避开容易爆发天花的四到八月。
顺治时期正处于中国历史上的天花肆虐期，大清王朝与天花的战“痘”进入白热化阶段。为了躲避天花，顺治皇帝不但废除朝议制度，躲在深宫不上朝；甚至很长一段时间不接见来京的外藩首领，后来又规定没有出痘的蒙古王公不许入京觐见皇上。顺治皇帝的一生可以说是和天花博弈的一生，天花不但夺去了他众多儿女，也要了他的命。顺治皇帝一生育有八个阿哥，六个格格，因为天花，八岁前就死亡了四男五女。为了保住孩子们的小命，生下不久后都被抱出宫外躲避天花。清朝有独特的“木兰秋闱”传统，秋天狩猎，气候凉爽，猎物众多。顺治八年，京师天花大爆发。顺治皇帝和太后冒着严寒到遵化狩猎。这大冬天的，动物们或冬眠或藏身洞穴根本不露面，冰天雪地兴师动众出门活受罪；其实狩猎只是幌子，真正的原因还是为了躲避天花。
避痘所——承德避暑山庄
康熙皇帝登基主政后，开始主动出击，防治天花工作走向系统化，这成为当时的基本国策。北京城内设有“查痘章京”，相当于今天的全军天花预防控制中心，专门负责八旗防痘事宜；太医院下专门设“痘诊”科，相当今天的国家疾病预防控制中心天花分中心，还广范征集名医，充实工作岗位。
康熙皇帝十分重视对传统隔离“防痘”方法的继承，在实施中有所创新。最著名的就是避暑山庄的选择和蒙古各部落首领围班制度的建立。由于天花的流行，清朝早期蒙古各部入觐制度受到了严重的挑战；直到康熙初年，这个问题也没有得到很好的解决。尽管蒙古王公贵族们声称自己已经出痘，对天花有免疫力，但康熙皇帝仍然充满担忧“凡元旦来朝外藩王等，虽云已经出痘，朕犹虑之。伊等所云出痘，信耶？疑耶？”康熙十六年，在热河兴建避暑避痘行宫，这就是历史上著名的避痘所——承德避暑山庄。康熙皇帝规定，以后凡是没有出过痘的蒙、藏、回、维等上层贵族，想要觐见皇帝，可于每年七月到热河，九月随皇帝入围场秋狩，同时觐见皇上。天高气爽的秋天入觐，既避开了天花发作期，同时也达到了亲合各少数民族的政治目的。
康熙“防痘种痘”的推行是从宫中开始的。康熙十七年，正值平定三藩之乱处于相持的紧要关头，5岁的皇太子胤礽不幸出痘。尽管前线连连告急，爱子心切的康熙皇帝日夜陪在胤礽身边，竟然连续十二天都没有批阅奏折。湖北候选知县傅为格用“种痘”之术（此为“人痘”，与后期从境外传入中国的“牛痘”不同）治疗太子有功，被提升为武昌通判，后成为天花防治史上的关键人物。为了庆祝爱子痊愈，康熙帝还特地举行了一系列的庆典活动，祭天颁诏，搞得十分隆重。随着种痘术在宫中的成功，康熙帝开始大规模推行天花预防工作，把它推广实施到八旗百姓，直至漠南、漠北、蒙古大草原等北方边境。自此，天花在清朝得到有效抑制，满族人四处“种痘”的仓惶日子暂告一段落。虽然后世仍不免有皇帝死于天花之手，但比起早期满清贵族大量感染天花死去则显得微不足道。在消除了天花的干扰后，满族人在关内彻底站稳了脚跟，这也为康熙皇帝缔造“康乾盛世”奠定了基础。
由张琰编撰、成书于乾隆六年的《种痘新书》是痘疹专著，共十二卷，论述了痘疹的发病规律和诊治大法，并论述种鼻痘之法，使人痘接种法得以继续推广。乾隆时期，清宫医案中留下的大量太医院痘医为皇家子女种痘的全过程记录，从中可以看出当时种痘技术的复杂性与风险性。
乾隆二十八年春，乾隆皇帝的第十五个儿子永琰（就是后来的嘉庆皇帝）种痘，首先钦天监按十五阿哥的八字查好种痘吉时，奏请皇帝、皇后、皇太后等。然后在圆明园五福堂设立一个封闭性的临时种痘护理所，除了四名御医昼夜值班观察外，还设十几个太监侍候。种上痘的永琰，被置于密室中，为了避光，四周都用黑、红两色毡子围住。还专门在旁边的房间设堂，供奉天仙娘娘、痘疹娘娘、眼光娘娘、痘儿哥哥、药王、药圣、城隍、土地等，以祈求诸神的保佑。御医每天3次为永琰把脉观察，及时将情况记录在案。半个月后，一切症状消失后，永琰终于结束种痘历程，走出了不见日、月、星三光的暗室。
嘉庆十年，葡萄牙医生哈威特将比人痘更加有效的牛痘疫苗从马尼拉带到了澳门。随后，东印度公司的英国医生皮尔逊又把牛痘疫苗由澳门带到广州。为了在中国推广“牛痘接种”法，皮尔逊还撰写了一本《新订种痘奇法详悉》的小册子。皮尔逊的助手邱熺将十几年间种痘的方法和经验详细记录，写成了《引痘略》一书。邱熺一生接种上百万人，他为两广总督阮元之子进行了成功的接种，使牛痘疫苗获得官方的支持。阮元赋诗赞曰：“若将此丹传各省，稍将儿寿补人年。”从中国传出去的“人痘接种”术，经过改良成为“牛痘接种”法，在世界转了一个大圈子之后，又回到了它的故乡。已有“人痘接种”术经验的中国百姓对更安全经济的“牛痘接种”法表现出空前欢迎的态度，许多地方官员也参与了“牛痘接种”法的推广，他们在许多地方成立了种痘机构，为老百姓免费接种。嘉庆二十年，广州成立种痘处。道光八年北京设立京都种痘局。“牛痘接种”法迅速在中国大地上推广开来。