1079年7月28日苏轼被逮捕，8月18日送进御史台的监狱，经过日复一日、通宵达旦的连续逼供，苏轼终于支持不住了，他承认“赢得儿童语音好，一年强半在城中”是讽刺青苗法的，“岂是闻韶解忘味，来三月食无盐”是讽刺盐法的。诗人的作品在此时成了他最大的罪证，而主审官李定抓住他不放，御史台搜集了苏轼100多首赠送他人的诗词，要查出和他相关的所有人，最终有39人受到牵连，其中官位最高的就是司马光。
亲戚送饭错送熏鱼，苏轼以为必死写下绝命诗
苏轼入狱后，生死未卜，他已经丧失了所有的信心与希望，他知道认罪后，剩下的就是等皇帝批准杀头了，在等待判决的日子里，他的儿子苏迈每天都给他送饭，由于父子二人不能相见，于是他就和苏迈约好，每天送饭的时候，都要有菜和肉，如果听到外面传要判我死刑，你就送鱼，不要送菜和肉。
据宋·孔平仲《孔氏谈苑》记载：有一天，苏迈外出筹集生活费，就拜托一位亲戚代为送饭，但是他却忘了交代不能送鱼这事，恰好那天亲戚送去的饭菜中正好有熏鱼，苏轼一看这菜，懵了，这一天来了，自己的死期到了，伤心悲痛下，得给老婆孩子留点什么，于是管狱卒梁成要来了纸笔，写下了两首绝命诗。
圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未满先偿债，十口无归更累人。是处青山可埋骨，他年夜雨独伤神。与君世世为兄弟，更结来生未了因。
“柏台霜气夜凄凄，风动月向低。梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。额中犀角真君子，身后牛衣愧老妻。百岁神游定何处？桐乡应在浙江西。
苏轼告诉狱卒梁成一定要将这两首诗交给弟弟苏辙，然而此时的他身陷牢狱，任何文字都不可能私自送出，更何况他是因诗入狱。梁成虽然崇拜苏轼，但也不敢私自为他传信，只得上交。
最终这两首诗出现在了宋神宗的桌案上，神宗读后也很感动，神宗本人十分欣赏苏轼的才华，也是他的粉丝。他并不相信苏轼真的对他有二心，也没有迫害苏轼的企图。
御史台拼力一搏，众人纷纷救援
御史台的人一看皇帝犹豫了，就很着急，他们非要置苏轼于死地不可。一天，宰相王珪面见神宗，说：“苏轼于陛下有不臣之意。”神宗问：“轼固有罪，然于朕不应至是，卿何以知之？”王珪说，苏东坡的《桧》诗：“根到九泉无曲处，岁寒唯有蛰龙知”，这句诗大有问题。王珪说：龙本在天上飞，而苏轼却还要去九泉下找，这不是咒皇上、要造反吗？
王珪此话特别狠，如果神宗一旦相信，那苏轼这诗就可以让他灭族，但是神宗也是明白人，他回答说：“诗人之词，安可如此论，彼自咏桧，何预朕事。
旁边的章惇说到：龙也不是天子的专称，人臣也可以称龙，神宗说：孔明被称作“卧龙”，东汉有“苟氏八龙”，难道他们都是天子吗？这话说的王珪哑口无言。
苏轼被捕的消息传开后，社会上许多人都站出来为苏轼说话，宰相吴充说：“陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？--宋·吕希哲《吕氏杂录》。
王安礼也上书进言道：”自古大度之君，不以言论罪人。苏轼自恃才高，一旦示法，恐后世以为不能容人。愿陛下宽大为怀。” 此时，前宰相王安石也写来了求情书说道：安有圣世而杀才士乎？
苏辙的《为兄轼下狱上书》最为感人：困急而呼天，疾痛而呼父母者，人之至情也。臣虽草芥之微而有危迫之恳，惟天地父母哀而怜之！”进而动之以手足之情：“臣早失怙恃，惟兄轼一人相须为命。今者窃闻其得罪，逮捕赴狱，举家惊号，忧在不测。
最大腕粉丝求情，苏轼最终获救
而对雪花般铺天盖地而来的求情奏疏，神宗受到的触动也很大。宫中的王子、公主、妃子们也都是苏轼的粉丝，这些人日夜不停地在神宗面前为苏轼求情，而对宋神宗影响最大的，是宋仁宗的皇后当时的太皇太后曹氏，当时太皇太后病重，宋神宗准备大赦天下，为她祈福。
太皇太后却问：“据闻苏轼已下台狱？” 神宗答：“是，自八月迄今，已有两月”。
太皇太后：“忆及汝祖父仁宗皇帝初得苏轼、苏辙之日，回宫喜容满面，曰：吾今为子孙得太平宰相两人，惜吾不及用也。” 神宗听罢惶恐道：“娘娘勿忧，尚未定谳。太皇太后长叹一声，轻声言道：“官家大赦可免，但放了苏轼足矣。” 老太太一边说，还一边掉眼泪，神宗也跟着掉泪。-- 宋·陈凯《耆旧续闻》
对于苏轼一案神宗也并不想加害，神宗说：“朕不想深罪他，召他对狱，考核是非，不久将放出。”随即又说：“在外面，不要泄漏刚才的话。苏轼积怨太多，恐言官们因苏轼的事害朕“。《续资治通鉴长编》卷三百一
经过5个多月的”乌台诗案“，在众人的合力营救下，苏轼被释放了，但还是给他安了一个“讥讽政事”的罪名，最后被贬到黄州做团练副使。