神雕侠侣是“射雕三部曲”的第二部，其情节直接从射雕英雄传而来，结尾处的郭襄骑着青驴天南地北寻找心上人的场景又是倚天屠龙记的开始。作为承上启下的一部巨著，其中也有几大憾事。
首先是主角杨过的断臂。其在书中是个武艺高强的帅哥，有很多红颜知己，连其师叔李莫愁都曾产生过丝丝心动。可惜英雄也有不完美之处，杨过断臂了，小时候一起长大的郭芙砍断的，杨过接触到的所有花季少女中，能稍稍抵抗杨过，不犯花痴的，大概就是郭芙了。其从小就瞧不起杨过，被杨过戏虐后，最终斩断了其右臂（影视剧里通常是左臂，参考下图），使得我们心中的英雄残疾了。
其次是小龙女，其是古墓派传人，因出手救了杨过，两人渐渐产生了至死不渝的爱情，可惜美女也有遗憾，先是被尹志平玷污，后在绝情谷欲与公孙止成亲，最后中了情花之毒。本来死掉了。但金庸老先生迫于读者的压力（寄刀片），强行改写了神雕侠侣的结局，让跳断肠崖下的小龙女起死回生，还有了烂漫的十六年之白头之约，最后成了令人羡慕地“神雕侠侣”。
再次郭靖夫妇的死也是比较遗憾的，毕竟“侠之大者为国为民”。
但最遗憾的，木旦鸠兹认为还是公孙绿萼的死。其父亲是绝情谷谷主公孙止，其为人好色且虚伪，母亲裘千尺更是古怪地变态。由于公孙绿萼从没有出过绝情谷，其经历如一张白纸，所以遇到杨过，就注定其悲剧了。绿萼自己也清楚，“就是程英、陆无双她们的品貌武功，过去和他的交情，又岂是我所能及的?"更别说是“人见人爱花见花开”的小龙女了。
即便这样，其对杨过也是一往情深、情根深种，为救杨过，不仅去偷绝情丹，又断然拒绝母亲向杨过的逼婚，最终在为给杨过换取解药时，被其父失手杀死。