先是用投石车往城里一阵乱投，砸得城里的人都躲在屋里没法出来。接着又用巢车观察城里的情形，就是放人在一个筐子里，用机械把筐子吊到高处，由筐子里的人高声喊出他所看到的城里的情形和需打击的目标，弄得高昌人损失非常惨重。
损失虽然惨重，麴智盛还能撑得住，因为他还有一个依靠—可汗浮图城(今新疆古木萨尔北)。
作为盟友，西突厥派军队驻扎在可汗浮图城作为高昌的援军。不过，可汗浮图城的西突厥军队还没有麴智盛耐折腾，居然在麴智盛之前就投降了唐军。靠山也靠不住了。
没办法，麴智盛只好开城投降。
麴智盛投降后，侯君集秉承了“一鼓作气”的精神，兵分数路，攻下了高昌国的二十二座城池。
拿下了这么多城池，问题也相应产生了。因为在此之前，唐军每拿下一地，就在当地扶植一个亲唐势力然后班师。
但这次李世民不打算再按照以前的惯例办了，他打算把高昌作为州县纳入大唐的版图。
一向以跟李世民唱对台戏为己任的魏征不乐意了，他进谏说: 麴文泰很早就来大唐朝见过，后来虽然不够恭顺，但只是他一个人的过错，他死了就算了;如果让他的儿子复位，可以让天下人都看到大唐皇帝的威德，让各族臣服，如果把高昌国的地盘作为大唐的州县来管理，就需要军队镇守，这只能浪费人力物力。
魏征的结论是:千万不要把高昌国作为州县纳入版图。
这次，魏征没拿到李世民的赏赐。也就是说，李世民这次没听魏征的。魏征只算了经济账，他没算军事账。
善于算军事账和政治账的李世民把高昌国原有的土地设置为西州，把可汗浮图城设置为庭州，在交河城设置了安西都护府，留下军队镇守这一带。
十二月，亡国之君麴智盛被侯君集作为俘虏献给了李世民。李世民还算厚道，把麴智盛封为左武卫将军、金城郡公。
