清军战舰上空有士兵，却无处发力，对轰吧，炮打得没有人家准，追击吧，根本也追不上。眼看一艘艘战舰被炮击起火，满舰不习水性的八旗兵跳海逃生，却又无异于自寻死路，
达素与黄梧不得不颓然承认，南路攻势宣告彻底失败。
在北路，战况又稍有不同。
相比黄梧，施琅经验更为老道，他明白要和郑成功力拼水军，多半难以取胜。施琅干脆出奇招，利用黄梧牵制郑军大半主力，自己又对地形相当熟悉的有利条件，乘着潮汐扯满风帆，
率南路军远远绕开了郑军重点布防的优势防线，找到了一处守军较少的赤山坪抢滩登陆。
郑军舰队远远探到了施琅的动向，奈何风向和潮水不对，虽然尾追而来，却被施琅越甩越远。
施琅要打的就是这个时间差，假使他在郑军追兵到来之前就把陆军登岛成功，郑成功势必后院起火，前线将士军心也将被扰乱。
时间紧迫，战舰还未靠近，八旗兵就迫不及待跳进齐腰深的海水向滩头冲杀而来。
赤山坪守军较少，即使全力发炮放箭，也难以抵挡清军以优势兵力压制冲上滩头。
千钧一发之际，又是大自然帮了忙。赤山坪沿岸滩淖土质松软，泥沙混合，大不利于涉水泅渡。清军敢死队身披重甲，又增加了不少分量，一脚踏入，沙土直没小腿，要往前一步都很费力，速度还比不上正常行走。八旗兵深一脚浅一脚，走得歪歪扭扭，场面一时十分滑稽。
这正好给了岸上守军逐个瞄准打固定靶的机会，枪炮齐下，清军倒下一大片。冒死突击的清兵好不容易冲上滩头，已减员三四成，偏偏这时郑军船队又赶到了。
这下热闹了，守军和战舰两面夹击，剩下的清军也成了活靶，几轮齐射下来，岸上已没有站着的清军。
施琅这一路本来船少兵少，更不敢与郑军舰队交战，只得撤退而去。登岸的2000多八旗兵，在炮火之下损失了十之七八，剩下三百多满兵被生俘，南路攻势也宣告失败。
除了海战，达素还派出兵力进攻陆路的盖峙山，也被击退，领军的佟济等将佐阵亡。反被郑成功抓住机会，派兵围困罗源，并沿路设下埋伏围点打援，清军援兵中伏，领兵将校战死。
达素以贼多聚盖峙山，分兵遣佟济等往剿；贼据险施枪炮，佟济与噶布喇、董安、张彦洪均阵亡。时贼围罗源县，达素遣雍贵、郭汝龙往援；途遇贼，力战死。
水陆两路，顺治集结起的大军没能达成一点战略目标，反而精锐尽丧。
郑成功在南京遭遇大败后，苦悬孤岛，控制土地和兵力都已缩水到历史低点，形势本已危如累卵。
偏偏在绝境中，郑军将士恢复了长江战役之初的勇猛果敢，拒绝重蹈崖山覆辙，把握了自己的命运。
此战八旗将校阵亡人数惊人，仅在史料中记录下有名有姓的就达到60余名，甚至远远超过晋王李定国衡阳大捷斩获的数量（衡阳之战八旗损失将佐25名），虽然所获战果在品级上不如李定国，实际的杀伤确实要超过不少，开头所提到的顺治阵亡于此役的传说大概也就是来自于此。由于厦门一战八旗主力是两白旗旗兵，伤亡也最重，战后京城两白旗几乎家家戴孝。
战后，顺治震怒，处罚了一大批败将，达素被降职，损失最重的镶白旗，本旗统领索浑被解职，并削去一切世袭爵位。
此战对清军水师造成毁灭性打击，顺治调集的沿海各省水师几乎全军覆没，乃至此后不得不采取海禁政策，并把沿海各省居民内迁50里，坚壁清野，以防郑军再次登陆。
郑成功也凭借这一战得以站稳脚跟，声势复振。
