焦山大战失败后，一路败退到福州的南宋行朝建立。德裕二年五月初一，南宋陈宜中、张世杰等人奉赵昰即帝位，改元景炎。这个小朝廷以陈宜中为左丞相兼枢密使、都督诸路军马，张世杰为枢密副使，共同抵抗即将到来的元朝大军。而此时的南宋小朝廷，立足福建，占据江西，收复广州，民间蕴藏的抗元武装力量也并不薄弱，但为什么会在之后的厓山大战中，以20万对2万大军还会大败亏输呢？依白羽看来，被誉为宋末三杰的主帅张世杰，恐怕要负上最大的责任。
一、 朝堂政治离心离德，元军各个击破
南宋行朝刚刚立足时，考虑到文天祥的巨大影响力就任命他为右丞相兼枢密使、同都督诸路军马。问题是，牢牢占据左丞相位置的陈宜中并不接纳文天祥的抗元大计，还是坚持以避其锋芒，妥协为主。所以，文天祥辞右丞相不拜，去南剑州另开同督府经略江西。所以，宋军的指挥权实际上操纵在张世杰手中。
据《元史》记载，南宋行朝刚刚建立时，闽广两省大部分控制在宋朝手中；在广东，江西制置使赵潽还收复了广州。在福建，文天祥移同督府至汀州，正在积极聚兵，准备进军江西与李梓发守军汇合；知兴化军陈文龙尚在为宋朝守城。宋制置使张鈺坚守重庆，甚至还收复了泸州、济州，并遣将四出，所向俱捷。
为了与元军争夺东南地区的控制权，行朝“传墩岭海，欲复其地”，福建诸“郡县豪杰，争起兵应之”。
景炎元年夏，刚刚恢复了一点元气的行朝就命吴浚、赵晋、傅卓、李钰、翟国秀等人分道出兵，企图收复江西和浙南的一些失地，但大多以失败告终。
如此采取分兵战略，导致了宋军不能集中优势兵力与元军对抗，容易被元军各个击破。正是由于主帅太想建功立业，没能集中宋军优势兵力去收复失地，而采取了错误的分兵战略，致使宋军处处挨打，节节败退，抗元斗争每况愈下。
这一年的十一月十四日，元军阿刺罕部攻破建宁府、邵武军后，丞相陈宜中与主帅张世杰立马就慌了，竟于接到消息的第二天就带着皇帝、太后直接逃往海上。这就导致了统一作战指挥系统全部失灵，缺乏统一战略部署能力的宋军就面临着被各个击破的风险。也大大削弱了各地宋军的士气，尤其影响了闽、广的宋朝地方官的抗元信心。
当时，福州行朝都督府手中还掌握着正规军17万、民兵30万、淮兵1万人，如果能及早进行统一的军事部署，联络各地抗元宋军，完全有可能与元军决一死战。行朝逃往海上，等于放弃了南宋在陆地上的全部国土，这就形成造成各地的抗元武装力量各自为战、自生自灭的局面。
朝廷带头逃跑的恶劣影响是极坏的，在福州的地方官员面对元朝大军直接望风而降。《元史》记载：十一月二十三日，知福安府王刚中以城降元，福建提刑王积翁也一起投降；广东英德守臣凌弥坚、徐梦得降元。二、 主帅张世杰排除异己
大战前夕，吓破了胆子的左丞相陈宜中逃往占城，从此杳无音信。因为陆秀夫是个忠义爱国之士，熟悉军务，曾有拥立景炎帝和祥兴帝之功，被行朝任命为左丞相。陆秀夫虽任左丞相，但实际上行朝由统帅张世杰秉政，张世杰在政务军务方面坚决不允许陆秀夫插手。所以，陆秀夫也只做些调派杂役、处理一般公文等杂事，不能决定军国大事。靠着每天为小皇帝讲授《大学章句》打发日子。
右丞相兼枢密使、都督诸路军马文天祥的地位和威望都在张世杰之上，张世杰却对他采取嫉妒排斥态度。文天祥在景炎二年（1277)八月进军广东，曾先后占领了梅州、惠州，驻军丽江浦。祥兴元年（1278)五月间，文天祥得知景炎帝驾崩和祥兴帝继位的消息，便于六月间将同督府军移至海滨船澳，上书要求觐见皇帝，却被张世杰所阻。
其实，张世杰是因自己以枢密副使的身份在朝秉政，拥兵自重，他害怕德高望重的文天祥来到行朝，自己将受其节制，大权旁落，所以坚决不同意让文天祥来一同抗敌。
更要命的是，疫病在文天祥的军中开始流行，已有数百将士死亡，文天祥的母亲与长子相继死于瘟疫，文天祥本人也几次得病。因此，文天祥更急切地要求去厓山向皇帝陈述复国大计，并打算移军入朝，会合张世杰的兵力，共同抗元。可是，张世杰却以迎候陈宜中还朝为借口拒绝文天祥前来。此时的陈宜中哪还有个鬼影子？
文天祥去不了厓山，只得仍困守在船澳。行朝为了安抚文天祥，在封张世杰为越国公的同时，加封文天祥为少保、信国公，并赏金三百两搞军。文天祥一心想的是抗元救国，并非为了加官晋爵。此后，文天祥多次请求移军入朝，行朝却一味拒绝。这使文天祥感到十分委屈和愤满，他写信给陆秀夫抗议说：“天子幼冲，宰相荒，制救诏令，出诸公之口，岂得不惜军士，以游词相拒？”
此时，陆秀夫这个左丞相基本个空架子，根本左右不了张世杰。他在收到文天祥的信后，除了长叹之外，无法给予答复。文天祥在广东滨海孤军无援，终于在十二月二十日被元军于海丰五岭坡所俘。南宋在闽粤的抗元武装至此被消灭殆尽。