宦官黄锦在旁边说：“这个人向来有愚名。听说他上疏之前，自己知道冒犯该死，买了一个棺材，和妻子诀别，奴仆们也四处奔散没有留下来的，他自己是不会逃跑的。”
明世宗听后，反而沉默不语。随后下旨逮捕海瑞，将其关进诏狱，追究主使的人。
可是问题来了，明代的法律没有规定臣子骂皇帝如何定罪，海瑞的行为在当时属于“断罪无正条”。
后来世宗的身体每况愈下，不知是被海瑞的赤胆忠心所感动，还是徐阶和黄光升等的巧妙理论所说服，此案一直没有了下文，海瑞没有被处以死刑。
（刑部尚书黄光升援引《春秋》决狱，将君臣比父子，父亲有不义之行时，儿子有谏诤的责任，否则就是不孝，所以根据古书，海瑞应该无罪释放......）
05
大赦出狱
一年后，明世宗驾崩，太子裕王朱载垕（明穆宗）继位，年号隆庆。奉先帝世宗遗诏，赦免了以海瑞为代表的所有谏言诸臣。而在一年之内，海瑞官连升四级。
隆庆三年（1570年）夏，海瑞又升调右佥都御史（正四品），兼应天巡抚。辖区包括应天、苏州、常州、镇江、松江、徽州、天平、宁国、安庆、池州十府及广德州，多为江南富庶的鱼米之乡。属吏害怕海瑞的威严，贪官污吏很多自动辞职，有显赫的权贵听说海瑞来了，把原先红色的门漆都改刷成黑色的。
海瑞到任南京后，开始着手办三件大事：
兴利除害，整修吴淞江、白茆河，通流入海，百姓得到了兴修水利的好处。
（这为后来黄浦江成为今全中国航运最繁华的区域，天下第一港口奠定了基础。）
遂有评价：为官，流芳百世；治水，万世之功。
与小时候经历有关，海瑞一直憎恨大户兼并土地，于是全力摧毁豪强势力，推行“一条鞭法”，安抚穷困百姓。贫苦百姓的土地有被富豪兼并的，大多夺回来交还原主。
（前首辅徐阶家有良田四万亩，海瑞写信劝其退一半，徐阶只是象征性的退了三四百亩，于是海瑞强制徐阶退田，不给与任何优待。）
削减“三公消费”：如官员来往出行轿夫原二十四人改为四人，鼓吹摇旗八人改为一人。
06
海瑞罢官
仅仅一年多，海瑞便遭到了群臣的排挤。
有官员上谏海瑞迂腐滞缓，不通晓施政的要领，应当用南京清闲的职务安置他，明穆宗还是用嘉奖的语言下诏鼓励海瑞。
而海瑞罢官讲述的就是他惩治徐阶之子徐瑛和贪官污吏王明友的故事：
徐阶共有三个儿子，三儿子徐瑛不学好，横行乡里，是当地一霸。他不仅霸占老百姓的田地，还强抢民女赵小兰。赵小兰的母亲洪阿兰到华亭县告状，希望县令能给一个公道，当时王明友是华亭县的县令。但是，华亭县的县令贪污受贿，接受了徐瑛的金钱，决定一手遮天。王明友接到报案后，不仅没有处理徐瑛强抢民女这件事，反而杖责赵小兰的祖父，把这位老人打死了。时任南直隶巡抚的清官海瑞微服出访，路遇洪阿兰，查明真相，判处徐瑛、王明友死罪，徐阶的弟弟徐陟也被抓了起来，海瑞饬令他退田。不久徐阶买通太监、权贵，弹劾海瑞“庇护奸民，鱼肉缙绅”，沽名乱政，妄图罢免海瑞，推翻海瑞的定案。但是，海瑞通过蛛丝马迹察觉了此奸计，在躲过奸计的陷害后，海瑞雷厉风行的下令处决了徐、王二人。自此以后，海瑞真正接触到朝廷的阴暗与浑浊，愤而挂印辞官，还乡故里。
当时吴地的百姓听说海瑞罢官而去，呼号哭泣于道路，家家绘制海瑞像，以香火祀之。
万历元年，张居正作为内阁首辅，他惧怕海瑞严峻刚直，知道海瑞在为人处世方面是眼睛里容不得一粒沙子的人，在政途上无法帮助自己，尽管中外官员多次推荐，最终也不任用。
07
老病去世
万历十三年，张居正去世之后，明神宗朱翊钧召海瑞为南京右都御史。
此去经年，天涯路远。再回首，已经过了十四年了。
73岁的海瑞老骥伏枥，壮心不已。上任后，力主严惩贪官污吏，禁止循私受贿。
还向万历皇帝提出了一个尖锐的条陈：要杜绝官吏的贪污，除采用重典外，别无他途。条陈中提到明太祖当年的严刑峻法，凡贪赃在八十贯以上的官员都要处以剥皮实草的极刑。
此议一出，朝野震荡，如同一潭死水，投进一块巨石。
这得罪了许多大官和官场腐败的既得利益者。他们纷纷向万历皇帝参奏弹劾海瑞。
而后尽管朝廷安慰海瑞，让他安心供职，但显然只是把他当成一个模范象征，朝廷的一个廉政的花瓶，摆在那里看看，“镇雅俗、厉颓风”，装装门面。
在南京的最后一段岁月，先后七次上疏要求退休，始终未获得批准，万历十五年，终病逝在任上。终此一生。
海瑞的灵枢用船运回家乡时，穿着白衣戴着白帽的人站满了两岸，祭奠哭拜的人百里不绝。朝廷追赠海瑞太子太保，谥号“忠介”。
海瑞祠 位于今杭州淳安县千岛湖景区
都说“水至清则无鱼”，不顾朝廷规章制度连该有的官仪都省去，过于严苛的打击富绅，最终让海瑞备受官员们的排挤。当年明月借用钱钟书的话给了海瑞一个评价：他是个好人，却并无用处。
内圣外王，修己安人。就“修己”而言，海瑞的清廉举世皆知，后人对此也没有争议。而对于“安人”，黄仁宇先生给出的评论是：海瑞过分拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，可以“傲雪霜而不可以任栋梁”。
此字乃海瑞为其母亲七十寿辰而书。
