征讨方腊之时，由于方腊实力强大，再加上方腊位于南方杭州地区，而梁山好汉大多是北方人，所以遇上了水土不服的问题。梁山和方腊交手的过程中，战死了59位兄弟，还有11位兄弟病逝，一人回汴京途中圆寂，付出了惨重代价，余下的37位兄弟，他们最后的结局如何？
梁山战死的59位兄弟分别是：秦明、徐宁、董平、张清、刘唐、史进、索超、张顺、阮小二、阮小五、雷横、石秀、解珍、解宝、宋万、焦挺、陶宗旺、韩滔、彭祀、郑天寿、曹正、王定六、宣赞、孔亮、施恩、郝思文、邓飞、周通、龚旺、鲍旭、段景住、侯健、孟康、王英、扈三娘、项充、李衮、燕顺、马麟、单廷珪、魏定国、吕方、郭盛、欧鹏、陈达、杨春、郁保四、李忠、薛永、李云、石勇、杜迁、丁得孙、邹渊、李立、汤隆、蔡福、张青和孙二娘。
病逝的11位兄弟分别是：林冲、杨志、张横、穆弘、杨雄、孔明、朱贵、朱富、杨林、白胜、时迁。还有回汴京途中，鲁智深夜宿杭州六和寺时，遇到了钱塘江涨潮，想起了智真长老留给他的四句偈言：“逢夏而擒，遇腊而执，听潮而圆，见信而寂”，顿时大彻大悟，在六和寺坐化。
这样算下来，阵亡方腊后，梁山幸存的好汉只剩37位了，不过这37位中，有6人没有参加征讨方腊之战。
这6人是公孙胜、安道全、皇甫端、金大坚、萧让、乐和。
公孙胜是人间天仙罗真人的徒弟，罗真人能预知未来，所以在梁山征讨方腊之前，他已经预料到梁山征讨方腊时将要遭遇一场劫难，所以在戴宗和李逵前来蓟州请公孙胜下山，帮助他们对方高唐州的高廉时，罗真人给了公孙胜八字真言，命他“逢幽而止，遇汴而还”。公孙胜在帮助梁山平定淮西后，又听从师傅之言，返回了蓟州二仙山，从此“从师学道，侍养老母，以终天年”。
其他5人是技术人才。安道全是神医，梁山征讨方腊前，他被皇帝召进宫治病去了，之后做了御医。皇甫端是兽医，被宋徽宗要去给自己养御马去了。金大坚是金石雕刻家，被喜好艺术的宋徽宗召去御前听用。萧让是书法家，善写当时苏、黄、米、蔡四种字体，被蔡京要去在太师府作门馆先生。乐和擅长奏乐演唱，被王都尉调走，在其府中任职。这5人的结局都不错。
征讨完方腊后，还有5人对回汴京不抱希望，选择离开了宋江。这5人武松、燕青、李俊、童威、童猛。
鲁智深在杭州六和寺圆寂后，武松也彻悟了，他以照顾病重的林冲为由，选择留了下来。半年后，林冲病逝，武松则看破红尘，选择遁入空门，这反而让武松放下了负担，活了80岁。燕青也是个清醒者，预料到他们回汴京后，等待他们的可能又是一场灾难，所以劝说卢俊义离开宋江，但卢俊义执迷不悟，不愿意离开，最终燕青带着李师师，选择了离开，他的结局很圆满。
李俊也对回汴京之路不抱希望，所以在回汴京途中，他称病不愿继续去汴京了。同时，他还将童威、童猛2人留下照顾自己。宋江一行人离开后，他们3人扬帆出海，李俊还成了暹罗国主。
回汴京后，宋江、卢俊义和李逵被朝廷奸佞害死，花荣和吴用得知宋江死讯后，也选择了自杀。
虽然征讨方腊一战，让梁山死伤惨重，元气大伤，但由于梁山人数众多，所以虽然遭遇了重创，但他们依然不容小觑，还是被朝廷视为心腹之患，所以梁山的两个头领，宋江和卢俊义随即被高俅等奸佞害死。宋江在临死前，害怕他死后，李逵为了给他报仇，起兵造反，坏了梁山兄弟的名声，也给李逵灌了毒酒。吴用和花荣两人得知宋江的死讯后，也在宋江坟前自杀了。
梁山幸存下来的弟兄，都得到了朝廷的封赏，但有13兄弟选择了出家或重回故里。戴宗在泰安州岳庙陪堂出家。阮小七返回家乡，照顾母亲去了。李应和杜兴辞官回乡，继续去做他们的财主。柴荣辞官回故里，做他的柴大官人去了。蔡庆、 穆春和宋清，返乡为民。顾大嫂跟随丈夫孙新回到了登州。邹润也辞官返乡。裴宣返回饮马川，做了一个闲职。朱武和樊瑞投公孙胜出家。
余下的7位兄弟，则在朝廷为官。黄信被授武奕郎兼诸路都统领，仍任青州。孙立仍回登州任职，孙新跟随长兄孙立，回登州任职。凌振被火药局御营任用。关胜被封为大名府正兵马总管，后来醉酒从马上掉落，重病而亡。呼延灼在抗金时阵亡。朱仝因抗金有功，做了太平军节度使。