刘秀平定天下之后，在祭祀祖先的问题上，史书上有这么一段记载：宜以宣、元、成、哀、平五帝四世代今亲庙，宣、元皇帝尊为祖、父，可亲奉祠…别为南顿君立皇考庙。
简而言之，刘秀尊汉宣帝刘询为祖父，尊汉元帝刘奭为父亲，史书中提到的“南顿君”，本是刘秀父亲刘钦，因曾任南顿县令，故刘秀尊称为南顿君。
然而，刘秀是刘发一脉，汉宣帝是刘彻一脉，但东汉建立之后，为何刘秀却变成了汉宣帝之孙？刘秀主动抛弃祖先的背后，又隐藏了什么政治动机？
汉景帝刘启一共有14个儿子，第六子是长沙定王刘发，第十子是汉武帝刘彻。
刘发这一脉大致传承是：刘启——刘发——刘买——刘外——刘回——刘钦——刘秀，因此刘秀是刘发的五世孙。所谓世孙，并非“孙子”之意，而是谁是谁的第几代后人，古书中的儿子被称为“一世孙”或“第一世孙”。
刘彻这一脉大致传承是：刘启——刘彻——刘弗陵——刘贺——刘询——汉元帝——汉成帝——汉哀帝——汉平帝。其中，因为刘弗陵无子，于是霍光立刘弗陵侄子刘贺为帝，因为刘贺荒淫不堪，霍光又立戾太子刘据之孙刘询为帝。从辈分上说，刘秀与汉成帝同一辈分，是汉元帝的侄子，汉宣帝刘询的侄孙。
但刘秀的真实身份毕竟只是汉宣帝侄孙，为何会厚着脸皮尊其为祖父，尊汉元帝为父亲，让自己变成汉武帝的五世孙？刘秀是东汉开国皇帝，一位雄才大略之人，其一举一动必有深意，那么刘秀的政治动机何在？
王莽篡汉之后，“托古改制”大行周礼，不仅没能解决问题，反而进一步激化矛盾，导致天下大乱，刘玄、刘縯（刘秀之兄）、刘秀三人起兵时，所用的旗号都是“复高祖之业”，恢复的是汉家江山。因此，刘玄的更始朝，刘秀的建武朝，都是汉朝的延续。这是刘玄、刘秀政权合法性来源，一旦否认这一点，刘玄与刘秀哪怕是刘邦后代，其政权都不合法，就缺少了号令天下的正当性。
刘秀建汉之后，就要强化这一合法性，但刘秀这一脉的出身有点尴尬，与祖先刘发有关。
汉景帝还是太子时，一次召幸程姬，而程姬因月事不能侍寝，于是将侍女唐儿打扮好，为汉景帝侍寝，春风一度生下刘发，后世便将女子月事称之为“程姬之疾”。由于程姬本就不太受汉景帝宠爱，唐姬又是程姬的侍女，更加不受宠爱，所以刘发也备受冷落，被封在贫穷潮湿的长沙，且封国疆域比其他藩王都小。因为汉朝“推恩令”，到了刘钦这一辈，只能担任县令这样的小官，家道已经中落，刘钦去世之后，刘秀一度务农多年。所以，刘秀是庶出的庶出，宗族地位十分低下。
刘秀要“兴继祖宗，中兴汉朝”，继承的是大宗，也就是嫡系一脉，大宗才能为君。以今天的眼光来看，这有些荒谬，但这是汉朝的政治正确。
周朝之后，建立了“嫡长子继承制”，王位和财产必须由嫡长子继承，嫡长子是嫡妻（正妻）所生的长子，所谓的“立嫡以长不以贤，立子以贵不以长”。汉朝时期，“嫡长子继承制”是普遍的社会认知，不容被打破。所以，汉景帝立刘彻为太子之前，先册立刘彻母亲王娡为皇后，将刘彻变为嫡长子，确立刘彻的合法继承人身份。
刘秀平定天下之后，原本准备将父亲、祖父等放入宗庙，让父凭子贵、祖凭孙贵，但在“兴继祖宗，中兴汉朝”前提下却面临一个问题：刘发一脉是庶出是小宗，不是嫡系出身，是臣，而宗庙里祭祀是大宗，是君，两者放在一起就不合礼制。所以，虎贲中郎将张纯和太仆朱浮指出“今高庙，陈序昭穆 , 而舂陵四世，君臣并列，以卑厕尊，不合礼意”。
群臣讨论之后，给出的建议是：刘秀尊汉宣帝为祖父，尊汉元帝为父亲，不能追封父亲刘钦为皇帝，在别处为刘钦建立宗庙。由此，刘秀解决了身份问题，从此可以以大宗正统自居，实现了继承汉室的身份合法性、正统性。
其实，刘秀“不认父亲”的做法，并非孤案，汉宣帝刘询早已做过。刘询（刘病已）是戾太子刘据之孙，因巫蛊之祸一案，刘据这一脉已经被汉武帝废除，刘询身份是平民，根本不可能有继承权，霍光立刘询为帝时，提出的是“大宗毋嗣，择支子孙贤者为嗣”，让刘询以小宗入继大宗，因此刘询不是以刘据孙子的身份入嗣大宗，而是作为汉昭帝继承人身份继承大宗，刘询在法理上是汉昭帝的后代。所以，刘询继位之后，一直没有为巫蛊之祸翻案，一直没有追封父亲、祖父为帝。
以今天眼光来看，刘秀做法多少让人感到别扭，但在“王侯将相还有种”的汉代，嫡出就是嫡出，庶出就是庶出，两者贵贱泾渭分明，因此刘秀做法符合时代气息，并不会有什么内心别扭。
参考资料：《汉书》等