《明史》的序中曾提到此书是在朱氏的原稿基础上删改而成，吴之荣因与南浔富人朱佑明有怨恨，于是强行嫁祸说此书中所说朱氏，就是朱佑明。结果，朱佑明及其五个儿子全部被诛杀。
最早接手此案的浙江巡抚朱昌祚、督学胡尚衡一看情形不对，便向审理此案的人行贿，将自己的过失全部推诿给最初审核的当地学官。结果使得归安、乌程两地的学官牵连被斩。而朱昌祚、胡尚衡却侥幸获免。而案发时，刚到湖州半月的知府谭希闵和其推官李焕对此事隐瞒不报，也因此被判绞刑。
曾参与过《明史》校核的吴之镛、吴之铭及书中所列的人员、参与制版的刻工，卖书的商贩、杂役等，全部都被杀。这一场大狱中，有70多人死去，10多人被凌迟，上千妇女被发配边境苦寒之地。
此案发生时，正好是清初，满清政府刚入主中原，根基不稳，对于汉人思念前明深有恐惧，更害怕文人生事。所以要求此案从严、从重处理，而涉案中的许多人都有冤，但迫天清廷淫威而无人敢伸。
吴之荣也因为此案达成目的，被清廷起用，不但如此，清廷籍没朱佑明的财产之后，还给了吴之荣不少奖励。吴之荣后来一直做到清廷的御史。
小说《鹿鼎记》就是以此案为背景开篇，当时清廷要求重查此案的就是权臣鳌拜，所以小说中庄家会因韦小宝杀鳌拜而感激涕零，也能理解双儿为什么如奴仆般听命于韦小宝了。历史的真相早晚会浮出水面的，清廷对此案过严过重的惩罚，牵连数千个家庭，但其根源还是庄廷鑨剽窃他人作品，想借此留名，但可惜抄袭手法太过于低劣，不仅自己死后无名，还祸及他人。
参考资料：《清史稿》
《清实录顺治朝实录》
《康雍乾间文字之狱--庄廷鑨之狱》
