随着军田的不断被兼并，到了后来甚至形成了没有军田可以让军队实施这项制度的局面，于是为了维护军队的稳定，国家开始一边继续实行屯田制度，一边又由朝廷对军队提供供给。然而由于这些供给很大一部分都随着下发被各层的军官层层剥削，落入到普通官兵手中的只有很少一部分。
而与此同时，明朝又遭受到了相当频繁的灾情，朝廷陷入了持续的经济危机，在这个时候甚至出现了朝廷拖欠军队粮饷的情况。
而在明朝危机不断的时候，后金政权又乘势开始崛起了，朝廷为了抵御外敌自然需要巨额财政维持军费，而当时提高财政，只有提高赋税这一个办法了。但是赋税的提高势必会使得农民不断地起义，然后又随着农民的起义，明朝又开始征收练饷和剿饷，这就是一个死循环。
最后，农民起义军越剿越多，官军越来越少，一些明朝的官兵在这种局面下不仅无法养活家庭，甚至到了自身都难以生存的局面，他们纷纷逃窜，甚至有些还直接投靠到起义军中去。而当卫所制的“主体”士兵都开始逃窜的时候，卫所制度彻底走向崩溃也已经是不争的事实了。
总结
卫所制度的逐渐消亡，一共走了三个阶段。最开始是军田的减少，接着是军户地位降低，而由于这两者的原因，加上后来明朝的政局混乱，才形成了最后军士逃窜，卫所制最终全面崩溃的局面。
卫所制在一开始是财政的主要收入，甚至曾是朱元璋能够打下天下的一个主要优势，但随着时间的推移，它却由于没有改进，不再适宜当时的环境而弊端丛生，这就再次印证了“与时俱进”的重要性。
