段祺瑞的下台并没有终止军阀之间的混战，后来直奉两系联合控制了北京的政权，可是奉系在直皖战争当中并没有出力，而且在战争以后肆意抢夺皖系的遗产，导致整个直系派非常的不满，新一轮的军阀斗争就此展开。后来直奉战争爆发，张作霖在退守东北之后为了能够彻底击败直系，他联合了皖系，浙江督军卢永祥以及孙中山一起结成了反之同盟，进行南北夹击。当时直系派的孙传芳被南北夹击，溃不成军，潜逃日本。此时张作霖占尽了优势，但是遇到吴佩孚依旧无可奈何，最终直系派掌握了主动权，然而就在当时直系内部发生了内斗。
冯玉祥倒戈，吴佩孚在知道这件事情之后，马上率军援助北京。但是因为孤立无援，最终失败，直军全面崩溃。在这第2次直奉战争结束之后，张作霖和冯玉祥为了互相牵制，两个人共同推波助澜，让段祺瑞为临时执政，然后两人划分了直皖两系的大部分地盘。后来张作霖因为冯玉祥的背叛被夺走了很多地盘，后期他联络了，同样被冯玉祥背叛的吴佩孚共同对抗冯玉祥。经历了数次大战北洋军阀，最终形成了张作霖，吴佩孚，孙传芳三大巨头各据一方的局面，在北伐军阀大乱斗的同时，西南军阀也经过了一轮全新的洗牌。
军阀混战是民国时期非常常见的一种现象，也可以说是民国时期的主要特征。民国军阀派系众多，每个军阀都控制着一片固定的区域。军阀混战发生的社会原因:从主观上说，军阀想要获得更多的地盘和权力，所以开始发起争夺战争;从客观上说，中央政府缺乏威信，无法管制军阀，军队缺乏法纪，人民生活贫苦，国库财政空虚，列强对不同军阀的扶持，加剧了军阀之间的利益冲突。
军阀混战造成政局的动荡，军阀的割据、纷争乃至混战，使社会生产无法正常进行，给广大人民带来无穷的灾难。
