马其顿本来是巴尔干半岛北部的一个小城邦，在希腊城邦危机时期，与雅典和底比斯的快速衰落形成鲜明对比的是马其顿的崛起。马其顿的强大和它的对外扩张，在邻国引起了一片惊慌，雅典率先组织了一个反马其顿同盟，但这个同盟毫无作用。雅典虽有一支强大的海军，却动不了马其顿陆军的一根毫毛，甚至无法使自己的盟国免遭腓力的攻击。
一、一盘散沙的联盟
马其顿大军进入卡尔息狄斯半岛，虽在希腊引起轩然大波，议论纷纷，却没有哪个城邦有具体的行动，一盘散沙的希腊已没有对付马其顿之策。中部希腊在马其顿大军节节南下时，仍在内部纷争不已，根本无暇顾及马其顿的威胁。这时，在中希腊开始了一场被称为"神圣战争"的战争。战争的起因形式上是宗教纠纷，其实是利益冲突。
公元前355年，中希腊的弗西亚的贵族以武力占有了特尔斐神庙的土地和金库,特尔斐是希腊的最重要的圣地，是太阳神阿波罗的奉祀地，这里的神谕非常有名，希腊的许多事情都要由这里的阿波罗神谕决定。中希腊各城邦，特别是底比斯，认为这是对阿波罗神的不敬行为，要求弗西亚人缴纳罚金,否则就要向他们宣战。
以底比斯为首的、包括有12个城邦的"邻近同盟"认为同盟有保护特尔斐神庙的责任。底比斯人没有忘记，弗西亚人曾在公元前371年的留克特拉战争中站在斯巴达人一边,现在有机会惩罚他们一下了。弗西亚拒绝缴纳罚金，中希腊联军便对他们宣战。战争就这样打起来了。
开始时，弗西亚人打败了中希腊联军中的帖萨利亚人，但随后却被波俄提亚人打败。公元前352年，腓力插手这场战争。他应底比斯人之请,利用帖萨利亚人内部的分化，打败了该国的暴君，占领了帖萨利亚。接着，又打败了弗西亚人，并乘胜占领了整个中希腊。腓力的扩张引起了雅典人的恐惧，雅典派出了一支远征军，占据温泉关。腓力不想立即和雅典发生冲突，率兵退回马其顿。
二、马其顿进入希腊
事实上，这个时候的希腊城邦已经无法做到像希波战争时期的那种团结了，当时希腊许多城邦的政治家都看到了这一点，于是里面的一部分人开始寄希望于外国，希望能够有一个强大的国家将四分五裂的希腊城邦统一起来。甚至有人求助于希腊人的宿敌波斯。公元前350年，底比斯因财政困难而向波斯国王阿尔塔薛西斯三世求援，波斯人本来就想插手希腊事务，因此给了底比斯人帮助。
公元前349年，腓力再次出兵卡尔息狄斯半岛，进攻半岛的重要城市奥林图斯。奥林图斯派使者向雅典求援并劝雅典人直接攻击腓力，雅典公民大会通过了派兵救援奥林图斯的建议。但是，腓力策划了一场优卑亚人与雅典人的战争，使雅典人无法及时派出援兵。公元前348年，腓力大军在奥林图斯的叛徒的配合下，攻陷了奥林图斯城。
腓力在进城后，对奥林图斯人进行了残酷的报复，把整个城市夷为平地，居民则卖为奴隶，奥林图斯的人和财产都被作为战利品卖了。他因此获得大量作战经费，有钱给战时表现勇敢的士兵金钱奖励。腓力这样严厉地对待奥林图斯是在向其他城邦发出警告:这就是反抗马其顿的下场!
腓力就这样以迅雷不及掩耳之势占领了整个卡尔息狄斯半岛，极大地震动了整个希腊世界，也震动了波斯。但是，腓力并没有放慢他征服希腊的步伐，希腊各城邦之间的接连不断的冲突给了他入侵的机会和借口。腓力利用中部希腊的又一次神圣战争，出兵占领了进人凯洛尼亚的咽喉厄拉忒亚，并劝说底比斯人一同人侵波俄提亚。
面对马其顿的势不可挡的步步进逼，雅典作了巨大而又令人赞赏的努力，停止了和底比斯的争斗，和底比斯一起建立了一支反马其顿的希腊联军。联军以雅典和底比斯的军队为主，也还有其他一些城邦的军队，公元前338年，希腊联军和马其顿军队在凯洛尼亚城进行了一次决定性的战斗。
双方参战的人数差不多，但缺乏团结一致的希腊联军难敌训练有素、行动如一人的马其顿军，希腊方阵也挡不住更强大、更灵活的马其顿方阵的冲。底比斯人本是腓力的军事课老师，马其顿方阵就脱胎于底比斯方阵，战斗的结果是学生打败了老师，希腊联军惨败，战死千余人，2/3 的人被俘。
凯洛尼亚一役宣告了希腊反马其顿的失败，希腊人的独立和自由随之走到了尽头。不过，腓力对战败的各城邦采取了不同的对待方式。对底比斯，他采取了最严酷的方式。马其顿军队进驻底比斯城，它的反马其顿领袖们都被处死或流放，它的被俘的军人都被出卖为奴隶。就像他毁灭奥林图斯一样，腓力要以此警告希腊人：背叛马其顿者将被消灭。
但对雅典，腓力却表现得相当仁慈和友好。他没有进军波俄提亚，他无条件地释放了雅典的战俘，并派了一个使团把在凯洛尼亚战死的雅典军人的骨灰送回雅典,他让雅典继续保有爱琴海各岛屿。腓力这样做的目的是要安抚雅典人，使他们感激他，在他将来对波斯的战争中用他们的强大海军支持他。腓力的策略成功了。雅典人对他感激万分，不但按腓力的要求解散了反马其顿同盟，加入马其顿盟国的行列，还在雅典的广场上建立起一座腓力二世的塑像。
三、马其顿君临希腊
为了把马其顿和希腊各邦的关系用法律形式固定下来，公元前337年，腓力在率领大军开进科林斯后，在这里召开了具有历史意义的科林斯会议，也称"泛希腊会议"。大会由腓力亲自主持，希腊各城邦除斯巴达外都派代表参加了大会。大会取得了极大的成功,显示腓力不仅是位杰出的统帅，--位富有创造力的军事家，也是位杰出的政治家，一位目光远大、手段灵活的政治家。