二人被尚书卢植接回没多久，董卓就率军进城，控制了整个皇室。
或许是因为刘协更得董卓的喜欢，因此，在废掉了汉少帝之后，董卓拥戴刘协成为了东汉的皇帝，也就是后来的汉献帝。
其实，关于董卓废刘辩拥刘协的原因，历史上猜测还是很多的，前面所说的刘协更得董卓喜欢是一种。另一种，则是相比于刘辩的外戚背景，刘协更加容易控制。第三种，则是董卓自认为和收养刘协的董太后同族，加上刘协本身比刘辨有才能，因此，才选择了刘协。
自此，刘协便开始了他的傀儡皇帝生涯。
董卓一手控制了整个皇室，自然引起了其他军阀势力的不满，各方军阀组成联盟讨伐董卓，正式开启了东汉末年军阀混战。董卓虽然势力不弱，但是，也架不住多方军阀的围攻，在受到三面压力之下，他只能选择挟持汉献帝逃到长安。
汉献帝不甘于受人牵制，派人联系关东军，想借着他们的力量推翻董卓。可是，当时的关东军内部产生了分歧，加上其首领袁绍正在忙着扩张底盘、壮大力量，没有空闲去征讨董卓。于是，汉献帝只能想办法靠自己来摆脱董卓的挟持，派王允策反吕布。
当时吕布已经与董卓有了隔阂，经过王允的游说，他终于动了心思，刺死了董卓。虽说董卓死了，但其兵力却落入了部将李傕、郭汜等人的手里。一个月后，二人调集兵力攻下了长安，将东汉政权控制在内，倒霉的汉献帝再一次被挟持。
兴平二年，李傕、郭汜二人引起内讧，率领各自军队在长安城内对攻，汉献帝便趁此机会逃了出来，在一些将领的掩护下，逃往洛阳。在洛阳这位东汉皇帝可谓是落魄至极，连吃一顿饱饭都成了奢侈，当地的官员对于汉献帝完全是置之不理。
曹操得知这种情况后，派人将汉献帝接到了许昌。
曹操这么做也是有自己的打算，毕竟，东汉还未灭国，如果，杀了天子很可能引起民愤，这无疑会令他陷入被动境地。正逢乱世，中原地区有袁绍这个大敌，江东有孙策，荆州有刘表，其他地方割据势力更是数不胜数，曹操自然要谨慎对待。汉献帝到了许昌，他自然要好好利用这个“天子”傀儡。
汉献帝可不这么想，他作为一朝皇帝，自上任以来便被挟持一路，想必放谁身上都会心中难平。为了能再次摆脱挟持，他再次谋划了刺杀曹操的行动，令董贵人的父亲董承去刺杀曹操。然而，很不幸，事情败露，董承等人被曹操反杀，怀孕的董贵人也惨遭牵连，被绞杀宫中。
可以看出，曹操在汉献帝的身边安插了眼线，他既然能提前得知这起刺杀行动，自然，也知道主使人就是汉献帝。但是，曹操并没有对汉献帝动手，因为他的统一大业还未完成，汉献帝对于他来说还有用处，怎么可能就将其处死呢。
同样，汉献帝也算准了这点，自知他是曹魏对外的合法招牌，必然不会有什么危险。但汉献帝也很清楚，他的“天子声誉”是有时间限制的，待时间一长，东汉王朝的影响在这乱世中被消磨殆尽，那他的利用价值便不会再有。
或许，二十年后，民间百姓只会讨论曹魏之名，而不会再想起他这么一个傀儡皇帝。
其实，汉献帝刘协仁德与智慧都有，被挟持期间，还不忘赈济关中灾民，这便是仁德。设法派人游说吕布，除掉董卓，这便是智慧。只可惜，汉献帝生不逢时，刚上任便身处乱世之中。纵然有心改变现状，但是，仅凭他一人，还是难以挽救走向末路的东汉王朝。
当然，汉献帝也不是没有缺点，最大的缺点便是缺乏魄力与勇气。
像在被挟持的过程中，他其中有数次可以利用自己的智慧诱杀李傕、郭汜，可是他却选择了安守长安，这才被二人调集兵力所反攻。如若，汉献帝果断一些，还真有可能在长安稳固东汉政权。
总的来说，在和平年代，汉献帝必然能成为一代明君，但是，在乱世时期，他注定难有作为，只能受制于人，末期落到了曹操手中，以禅让皇位换来寿终正寝，这也算是很好的一种结局了。
建安二十五年，魏王曹操去世，世子曹丕继位。
其时，虽然有孙权、刘备的不断犯边，但基本不成气候，中原腹地的和平已成定局。除旧布新，建立新朝，已经是人心所向，各种力量都在推动曹丕采取行动。那些曹氏部属也在设想着如何弹冠相庆，如何分新朝一杯羹。于是，便有小臣去逼去劝汉献帝效唐虞旧例，把帝位禅让给魏王。
汉献帝死在葬于禅陵，其地位于今河南省焦作市修武县方庄镇古汉村南，南距修武县城约23公里，北依太行山，其余三面皆为平原。陵东南400米处有一低矮山丘，因禅陵在此而得名，曰古汉山。
参考资料：
『司马光《资治通鉴·卷五十九至六十八·汉纪五十一至六十》、范晔《后汉书·卷九·孝献帝纪第九》、《三国机密》』
